社会经济发展到一定阶段产生了内部控制，内部控制是组织管理的重要手段。高等院校内部控制是指高等院校党政为了实现高等院校既定的中长期目标，保证学校各项教育、科研事业有秩序运行，维护资产的安全和完整，提高会计信息的真实性和准确性，有效地降低各类风险，而建立的一整套管理控制系统。　　 改革开放以来，特别是近十几年以来，伴随着我国经济社会的快速发展，高等教育也蓬勃发展起来，高等教育的管理体制也随之发生了重大变革。高校办学的自主权越来越大，与社会经济的联系越来越繁杂密切，各种新生事物冲击着高校原有的管理体制，高等院校管理面临很多不确定性和风险。为适应形势的变化，目前，我国大部分高等院校逐渐开始重视内部控制建设，并制定了一系列制度和措施，但具体实施情况却并不尽如人意。近年来高等院校因内部控制不完善，引发了多起经济案件，这些案件的发生严重影响了高等院校在公众心目中的形象，高等院校为适应现状、防范风险、保证资产的安全完整和会计信息的真实可靠，防止经济舞弊案件的发生，就必须建立起一整套行之有效的内部控制制度。　　 本文借鉴中外内部控制理论研究成果，以COSO报告内部控制整合框架为主要依据，构建了适合高等院校的内部控制体系和框架;同时采取调查问卷的方式，选取江苏省部分普通高等学校作为调研对象，从演绎到归纳，查找目前我国高等院校内部控制存在的问题，并提出加强高等院校内部控制建设的建议;最后结合高等院校经济活动的具体业务，有重点地对高等院校内部控制的重要内容，如:科研项目经费控制系统进行了设计。