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核桃举肢蛾(Atrijuglans hetaohei Yang)是核桃果实主要害虫之一,其幼虫致使核桃果实发黑并提前脱落,造成核桃减产甚至绝收,极大地制约着我国核桃的大规模生产和发展。然而,关于核桃举肢蛾得分类地位却尚不明确,其原属于巢蛾总科、举肢蛾科,后经形态学重新鉴定,又将其归入到麦蛾总科、织蛾科、展足蛾亚科。为了明确核桃举肢蛾的分类位置,本研究采用普通PCR和长片段PCR相结合的方法对核桃举肢蛾线粒体基因组进行了测序,在完成基因组序列拼接和注释工作之后,对其基因组成进行了分析。同时,选用包括核桃举肢蛾在内的共20个昆虫的线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的核苷酸和氨基酸序列进行了系统发育分析,并支持将核桃举肢蛾归入到麦蛾总科。本研究相关结论总结如下:1.核桃举肢蛾线粒体基因组序列总长度为15 379bp(GenBank登录号:KT581634),共编码37个基因和一个AT富含区,碱基组成具有明显的AT偏向性,AT含量丰富度为:AT富含区>rRNA>tRNA>PCGs。2.13个蛋白质编码基因中,除cox1基因以CGA为起始外,其它12个蛋白质编码基因的起始密码子皆采用ATN形式。终止密码子多为完整的TAA,部分基因以不完整的TA或T终止。氨基酸使用频率统计发现,亮氨酸(Leu),异亮氨酸(Ile),苯丙氨酸(Phe)的使用频率最高。3.核桃举肢蛾线粒体基因组共编码22个tRNA基因,除tRNA–Ser(AGN)外,其余21个tRNA基因都具有典型的三叶草二级结构。对16SrRNA和12SrRNA的二级结构进行预测,发现其茎区相对较为保守,序列变异多发生在环区。4.核桃举肢蛾线粒体基因中AT富含区全长363bp,A+T含量最高(95.6%),并含有类似微卫星的(AT)9重复序列和poly–T等特殊结构。5.基于包括核桃举肢蛾在内的20个昆虫的线粒体13个蛋白质编码基因的核苷酸和氨基酸序列数据,采用极大似然法)构建系统发育树,支持将核桃举肢蛾归入麦蛾总科。本研究首次对核桃举肢蛾的线粒体基因组序列进行了测定和分析,并从分子生物学角度对核桃举肢蛾的系统分类情况进行了探讨,为麦蛾总科昆虫的系统发育关系提供了分子依据。