本文以海峡两岸经济功能性一体化和制度性一体化的分析为主轴，分为八章四个部分。认为，建设海峡经济区，是顺应国际经济潮流和两岸经贸关系发展趋势的现实选择，具有海峡两岸经济功能性一体化的基础，又具有战略意义；海峡经济区的性质是同一主权条件下的区域经济合作，是中国不同关税区之间的经济一体化，属于次区域经济一体化；建立海峡经济区要从改变现阶段的不对称贸易开始，逐步从“贸易正常化”推进到中层次的“更紧密经贸关系安排”，最后发展到高层次的“共同市场”模式；海峡经济区将带来巨大的区域合作效应，要在农业、制造业、高新技术产业、服务业和海洋开发等方面建立垂直分工与水平分工相结合的产业分工合作体系；要通过建立产业合作、投资保护、劳务合作、争端解决、知识产权保护等一系列长期合作机制，来推动和保障海峡经济区的建设；推动方式上要采取民间层次上的推动和政府层次上的推动相结合，以民间层次上的推动为主。