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本论文对华癸中慢生根瘤菌(Mesorhizobium huakuii)菌株7653R的全基因组进行了测序、组装、拼接和功能注释。基于7653R基因组序列进一步与中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium)内不同种的5株菌(Mesorhizobium huakuii bv. loti MAFF303099, Mesorhizobium loti R7A, Mesorhizobium ciceri bv. biserrulae WSM1271, Mesorhizobium australicum WSM2073, Mesorhizobium opportunistum WSM2075)进行了比较基因组学研究。详细分析了它们在基因组序列基本特征、基因组序列线性关系、直系同源蛋白、结瘤固氮基因、表面多糖、分泌系统等方面的异同点。旨在回答有关根瘤菌的系统发育地位、宿主专一性、基因组岛动力学、质粒起源与进化等科学问题。中慢生根瘤菌属内多个种间基因组基本特征是否存在差异,线性关系如何,生物功能差异有多大,这些都需要通过基因组间的比较来解答。百脉根根瘤菌MAFF303099的分类地位受到质疑,被认为是属于M. huakuii。为了能够确认MAFF303099与M. huakuii之间的系统发育关系,需要更多有力的全局基因组序列分析方面的证据。另外,MAFF303099与M. huakuii菌株7653R在宿主特异性方面存在明显差异,为了能够找到造成这种差异的原因,几个可能的决定因素需要在基因组水平上进行比较,主要包括结瘤因子、表面多糖、分泌蛋白。最后,移动基因元件能够整合到染色体并形成基因组岛,对这些移动元件的进一步了解,能够丰富我们关于基因组动力学对Mesorhizobium一般进化所起作用的认识。7653R共生质粒与其它几株菌的基因组岛具有相同的特征,那么它们之间是否存在关联,这需要对基因组岛的动力学进行研究。首先,我们描述和提交了7653R全基因组序列(GenBank accession number: CP006581-CP006583),并与另外五株Mesorhizobium基因组进行了比较。7653R基因组由1条染色体和2个质粒组成,染色体大小为6,364,365bp,质粒pMhu7653Ra大小为193,835bp,质粒pMhu7653Rb大小为323,475bp。7653R与MAFF303099共有很多的直系同源蛋白,更重要地是具有一个保守的染色体框架及较大完美的保守线性区域。第二,我们鉴定出决定7653R与MAFF303099两株菌宿主特异性差异的潜在分子差别,主要集中在结瘤因子合成途径及修饰作用和几种分泌系统两个方面。第三,我们重现了一个祖先Mesorhizobium基因组岛,这个基因组岛在不同的Mesorhizobium菌株中经历了不同的变化,并分析了7653R共生质粒起源于祖先基因组岛的可能性。上述的基因组比较研究结果揭示：(1)直系同源蛋白及线性分析能够明确地将MAFF303099归类为M. huakuii;(2)结瘤因子,Ⅲ型分泌系统,Ⅳ型分泌系统及Ⅵ型分泌系统的差别可能是导致它们独特宿主特异性的原因；(3)对于中慢生根瘤菌来说,类似的染色体特定位置普遍存在一个基因组岛;7653R质粒可能是由其祖先染色体上的基因组岛剪切形成的。