农民工问题是中国特色的社会问题。上亿的农民工承担着我国大量社会主义基础建设工作,对我国社会经济发展的影响越来越大,并最终将决定我国和谐社会构建的成败与否。但农民工权利保障问题却日益凸显,其中经济权利、政治权利以及教育权利等的缺失已经成为阻碍我国和谐社会建设的重要因素之一,因此剖析造成农民工现状的原因就显得至关重要。目前国内外学界对农民工权利缺失的研究主要集中于我国城乡体制、农民工劳动力资本等较为碎片化的视角,本文以政府行为为视角,结合历史的、动态的制度变迁背景,分析造成农民工权利缺失的原因。从本质上来看农民工权利缺失是制度性不平等的体现,这种不平等是计划经济体制向社会主义市场经济体制转型不彻底的结果,而各个历史时期的政府行为就集中体现了这种不平等的发展演化。因此,对该问题的分析应从我国各个历史时期的政府行为及政府态度出发,深层次地分析政府行为背后的机理。本文首先从绝对权利和相对权利两个维度观察农民工权利保护问题,重点梳理农民工相对权利缺失现状；接着,分析造成这一现状与我国政府行为之间的内在逻辑关系,并提出制度性不平等这一理念,同时,对自改革开放以来我国政府作出的一系列政府行为,主要是各个时期的政府文件,包括法律法规等,进行文本分析,找出政府行为背后的动机和目的,从而展现农民工的制度性不平等地位是如何一步一步形成的；进一步地,根据原因分析,同时总结以英国、美国和日本为代表的西方发达国家在农民市民化过程中针对农村劳动力转化为城市劳动力作出政府行为的经验,有针对性地提出解决我国农民工权益缺失问题、改变农民工制度性不平等地位的对策。