流感病毒属于正黏病毒科(Orthomyxoviridae),是主要威胁人类健康的病毒之一。在上世纪已经多次造成了大范围瘟疫,导致人类大量死亡。人们对于流感病毒的研究已经开展了很久,但是由于流感病毒基因组的高突变率和不同亚型流感病毒间重组现象的影响,目前仍没有找到合适的方法来对抗流感病毒。人们需要持续的跟踪和研究流感病毒的进化和改变,来开发有效流感疫苗。禽流感病毒属于A型流感病毒H5N1亚型。早前人们普遍认为由于流感病毒的种特异性,不同的宿主的流感病毒很难跨宿主传播。1997年香港首次报道禽流感病毒H5N1亚型感染人类个案,H5N1亚型以其高致死率以及潜在的人际传播威胁越来越引起人们的关注。据世界卫生组织WHO截止2008年4月2日报道,禽流感H5N1亚型在印度尼西亚一国就造成107人死亡。虽然目前还没有可证实的人际传播的禽流感病毒个案,但是由于禽流感病毒的高突变率和其特殊的基因组片段重组现象,令人们担心H5N1亚型一旦具有人际传播的能力会造成另一场全球性瘟疫,给人类造成巨大的损失。为了保持其自身的功能和逃避宿主免疫系统的选择压力,流感病毒同时受到正负选择压力.研究禽流感病毒病毒基因组的同义密码子使用偏好性可以了解禽流感病毒基因组在这两种压力下的变化模式。前人虽然通过同义密码子相对使用率(RSCU)和有效密码子数目(ENC)等方法研究了流感病毒的密码子偏好性。但是忽略了某些含有对于流感病毒逃避宿主免疫系统识别起着重要作用二核苷酸的密码子的研究。含有CG二核苷酸的特殊模体已经在细菌和DNA病毒中被证实可以刺激宿主免疫系统,对于其进化有着重要的作用;但是类似作用在流感病毒RNA病毒中却少有报道。在本论文中,我们使用美国NCBI流感数据库中所保存的禽流感病毒基因组,对禽流感基因组8个片段和11个基因上CG二核苷酸以及同义密码子使用率的进行了细致的研究,我们发现:1.在禽流感基因组基因组水平和8个片段上分别使用卡方检验比较理论CG和实际CG二核苷酸使用频率发现CG二核苷酸的使用是显著被抑制的。2.通过计算禽流感基因组的11个基因的同义密码子相对使用频率(RSCU)发现大部分含有CG二核苷酸的密码子的使用率都是小于1的。有少量含有CG二核苷酸的密码子的相对使用频率大于1,这些密码子均位于使用重叠读码框的基因中。这是由于重叠读码框机制会导致相应的序列高度保守。3.通过比较CA和UG二核苷酸的理论和实际使用频率,发现CA和UG的实际使用频率高于理论使用频率。这说明在UG和CA二核苷酸分担了强烈的CG二核苷酸使用的抑制作用。这些结果证明了CG二核苷酸抑制作用是影响禽流感病毒基因组同义密码子使用的一个重要因素。