骨几何学参数和四肢瘦体重的双变量全基因组关联研究

来源 :湖南师范大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:worldfly
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骨骼和肌肉两者联系紧密,共同构成肌肉骨骼系统的主体。骨几何学是骨骼的重要参数并与相关疾病如骨质疏松等密切相关,四肢瘦体重(ALM)则是肌肉的重要参数也与一些疾病如肌肉减少症等息息相关。研究证明股骨颈骨几何参数(FNGP)如:骨直径(W)、截面面积(C S A)、皮质厚度(C T)、曲率(B R)、截面系数(Z)与瘦体重具有很高的遗传相关性,但目前对同时调控这两种表型的SNP/基因还知之甚少。全基因组关联分析(GWAS)已被证明是检测多效基因的有效手段,为了鉴定FNGP与ALM之间共同的调控SNP/基因,我们对一大样本量的中国人群进行了双变量GWAS。本研究共有1627位无血缘关系的中国汉人参与,其中男性802位,女性825位。我们采用双能X射线骨密度仪测量他们的ALM和股骨颈(FN)处的骨密度(BMD)与骨大小,然后由FN处的BMD和骨大小计算出FNGP。基因分型采用的是Affymetrix公司的人类基因组SNP 6.0分型芯片,经基因分型共测定了约90万个SNP,其中的689368个被选择用于后续的关联研究。本研究采用基于线性模型的双变量回归分析检测某个SNP同时与两个表型的关联度,关联程度位于前列的SNP进一步在2286名白人中进行重复验证。经分析,我们发现13个SNP可能同时与FNGP和ALM相关,其中位于HK2(己糖激酶2)基因上的rs681900和UMOD(尿调蛋白)基因上的rs11859916与两个表型的双变量关联p值分别为:7.58×10-6(ALM-BR)和2.93×10-6(ALM-W)。rs681900和rs11859916在白人中进行重复验证的结果也达到了0.05的显著水平,相应的p值分别为0.024和0.047,荟萃分析合并两次研究的结果得到相应的p值分别为3.05×10-9和2.31×10-6。除了统计方面的证据外,以前生物学功能方面的研究也表明HK2基因和UMOD基因可能是同时影响FNGP和ALM的多效基因。此外,我们还发现另一包含11个SNP的连锁群也同时与FNGP和ALM相关,这个连锁群在染色体上的跨度约为130Kb,包含MIR873 (MicroRNA873)和MIR876 (MicroRNA876)两个基因,这11个SNP双变量分析(ALM-BR)的p值介于3.06×10-7和4.60×10-6之间。我们的研究表明HK2、UMOD、MIR873和MIR876基因同时与FNGP和ALM相关,可能是调控这两个表型的多效基因。
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