作为中国证券市场上的重要板块,农业上市公司对于我国农业技术的进步、产业结构的升级等具有重要的意义。但近年来,我国农业上市公司在持续发展的同时,亦暴露出一些问题,比如非农化经营、业绩下滑等。那么,在市场竞争日益激烈和全球金融危机的背景下,我国农业上市公司经营绩效到底如何?如何准确评价农业上市公司经营绩效?什么因素影响农业上市公司经营绩效?等等问题有待分析。基于这样的研究背景,本文选取2005年底之前上市的36家农业上市公司作为研究样本,在回顾国内外相关研究成果的基础上构建我国农业上市公司绩效评价的输入、输出两维指标体系,融数据包络分析(DEA)的两阶段方法于农业上市公司经营绩效评价,从综合效率分析、纯技术效率分析和规模效率分析三方面,对2005至2008年我国农业上市公司的经营绩效进行评价。基于评价结果,笔者进一步的,从农业上市公司高管特征和股权结构为切入点,实证分析经营绩效评价结果的原因。研究结果显示：(1)我国农业上市公司存在整体经营绩效和规模效率普遍偏低等一系列问题；(2)高管受教育水平和政治背景都对其经营绩效产生显著正向作用,第一大股东持股比例与经营绩效呈负相关关系,“一股独大”的股权结构是农业上市公司经营绩效低下的主要原因。最后,笔者基于实证分析结论,并结合我国制度背景和农业上市公司的实际情况,为相关部门提出了框架性研究建议。