党的十九大报告指出,创新是引领发展的第一动力,是建设现代化经济体系的战略支撑。研发投入作为国家创新的着力点,在提高地区全要素生产率和建设现代化经济体系过程中发挥着重要作用。经研究发现,我国东中西部三大地区研发投入的内部结构存在一定差异,对各地区的绿色全要素生产率发展带来了不同影响。本文从研发投入的内部结构入手,分别探究我国三大地区在研发投入强度、研发投入规模和研发投入的不同领域等三个方面存在的异质性。利用SBM模型测算出Malmquist-Luenberger指数来衡量我国2005-2017年度30个省市的绿色全要素生产率,使用动态面板回归方法,分区域研究异质性研发投入对绿色全要素生产率产生的影响。研究结论表明,第一,研发投入强度提高能够显著促进各地区绿色全要素生产率的提高。多年来东部地区由于研发投入水平较高,形成了良好的研发环境并具备较成熟的科技创新能力,加大研发投入强度能够进一步实现全要素生产率的提高。第二,研发投入规模的提高也能显著提高各地区的绿色全要素生产率。西部地区由于研发水平相对较低,对研发从业人员的需求更多,加大西部地区研发从业人员的规模有利于改善人员内部结构,对地区绿色全要素生产率的提高更加明显。第三,各地区三个不同领域的研发投入单独起作用时,对地区的绿色全要素生产率均显现出正向促进作用,而当三者共同作用于地区发展时,应用研究和试验发展投入起到了促进作用,而基础研究投入起到了遏制作用,分析原因可能在于我国基础研究投入水平较低,与另外两项研究的投入比例还不尽完善,需要各地区加大基础研究投入,调整不同领域投入比例,发挥基础研究引领发展的源头作用。