HCC肿瘤细胞基因组中,1号染色体长臂21-44区（Iq21-q44）的拷贝数扩增是频率最高的基因组拷贝数变异（copy number variations,CNVs）区段（可达51.7%）,如此高的扩增变异频率提示该DNA区段可能包含多个在HCC发生发展中具有重要作用的癌基因或者肿瘤驱动基因。但是,1号染色体长臂44号区段（1q44）尚未鉴定出功能明确的癌基因或者肿瘤驱动基因。通过整合分析公共数据库中HCC患者的CNVs数据和基因表达数据,挖掘1q44区段编码基因中的候选肝细胞癌驱动基因,我们发现PPPDE1（也即DESI2）的编码基因在HCC肿瘤组织中和HCC细胞系中均有高频率的拷贝数扩增、过度表达并与患者的预后显著相关。提示其可能是一个在HCC中具有重要功能的肝细胞癌驱动基因。美国的癌症和肿瘤基因图谱计划（Cancer Genome Atlas,TCGA）的HCC患者的CNVs数据显示约32%（42/133）HCC患者的PPPDE1编码基因拷贝数扩增达1.5倍以上。TCGA样本和桂林样本两个独立的HCC样本中,HCC肿瘤组织中的PPPDE mRNA均相对于癌旁组织过度表达,而且与HCC患者的不良预后相关。除外HCC,PPPDE1 mRNA也在低分化胶质瘤、结直肠腺癌和肾透明细胞癌中过度表达,而且均与患者的不良预后相关。IHC染色显示PPPDE1蛋白呈局灶性表达于HCC肿瘤细胞的细胞质中,阳性率约为41%（9/22）;对应癌旁组织的阳性率约为14%（3/22）。部分HCC细胞系（Huh7、MHCC97H和PLC/PRF/5细胞）存在PPPDE1的编码基因扩增和mRNA及蛋白质过表达,使用shRNA敲减其中的PPPDE1能显著抑制其克隆形成能力和裸鼠成瘤能力。因此,上述数据和实验结果说明PPPDE1是一个原发性肝细胞癌的驱动基因。体外泛素降解实验和细胞内去泛素化实验均证实PPPDE1具有去泛素化酶活性,能够降解K48和K63连接的泛素修饰。免疫共沉淀联合质谱鉴定和Wstern blot分析发现:HCC细胞内,PPPDE1能够结合一个约25kd的MDM2 N端降解片段（MDM2 p25）,通过去泛素化修饰K63泛素连接的MDM2 p25,促进MDM2 p25在细胞内的稳定,进而上调其蛋白水平。通过依赖细胞内MDM2 p25的一种机制,过表达的PPPDE1能促进细胞内p53蛋白的降解,进而抑制p53通路;在细胞内缺乏MDM2的状态下,过表达的PPPDE1不能促进p53的降解。最后,我们还发现敲减HCC细胞中的PPPDE1能够下调HCC细胞内的MDM2 p25,同时上调p53和BAX蛋白的水平,并能显著地抑制HCC细胞系的裸鼠皮下移植瘤瘤生长速度。