生态安全是近年来新兴的一个研究领域，流域是其重要的研究尺度。本研究以闽江流域生态系统为研究对象，综合运用生态学、环境学、管理学、地理学、可持续发展等多门学科理论，从分析流域生态安全胁迫因子和问题成因机理出发，建立较为合理的评价指标体系，开展流域生态安全综合评价研究，找出关键性指标因子，从流域综合管理的角度去探讨构筑流域生态安全体系的方法和措施。本研究包括以下六部分内容：第一，阐述了本研究的总体思路，概括分析了生态安全研究的相关理论及其研究进展。第二，在阐述闽江流域自然地理和社会经济状况的基础上，详细分析了当前流域生态安的主要胁迫因子。第三，探讨了流域生态安全综合评价研究的框架，包括研究方法模型，评价指标体系的构建，指标权重的计算等内容，重点分析了指标常权和变权的计算原理。第四，这一部分是本研究的主要内容。(1)针对流域内存在的主要生态问题，在“P-S-R”模型框架的基础上，运用层次分析法和主成分分析法筛选出敏感性指标，建立起多层次结构的闽江流域生态安全评价指标体系。包括25个指标，其中10个表征压力子系统，8个表征状态子系统，7个表征响应子系统。(2)引用“变权”对生态安全评价因子的权重进行动态调整，运用综合评价指数模型和灰色关联度模型，并结合常权、变权组成四种评价方法，以闽江流域内各县市区及流域整体作为综合评价分析单元，分别计算了1990年和2004年的生态安全度，并对计算结果进行分级处理；四种方法计算结果表明：研究期间流域内各县市区生态安全度在一级划分上绝大多数情况下处于Ⅲ级与Ⅳ级之间，处于预警状态，部分县市区甚至一直处于中警状态，生态系统服务功能已经开始退化，流域整体生态安全形势不容乐观。(3)经过比较，以变权——灰色关联度模型的评价结果为基础，采用生态安全动态度来定量地描述流域内各县市区生态安全度的变化速率，结果表明：除光泽县、武夷山市、建瓯市、永安市、宁化县生态安全度略有下降外，其余县市区都有小幅度的上升；下降幅度较大的是光泽县和建瓯市，上升幅度较大的是德化县、福州市辖区和泰宁县。(4)引入指标贡献度与指标障碍度分析了反映生态安全中存在的限制因素，以及各指标在生态安全度中的贡献程度，结果表明：每一个指标至少是一个研究单元生态安全度的主要障碍因子，但各个研究单元的主要障碍指标有一定的区别，不同年份也存在一定的变化。大多数研究单元排在第一位的指标的障碍度均超过10％，2004年各研究单元生态安全度的障碍指标呈现区域性的特点，所处不同支流存在不同的主要障碍指标。第五，在前面定量研究的基础上，分别从土地利用覆被变化、森林生态系统变化、社会经济系统变化三大类角度出发，进一步探讨闽江流域生态安全度变化的驱动机制。第六，阐述了流域综合管理理论，并在该理论的基础上，结合闽江流域现行管理模式的弊端，以及存在的主要生态安全问题，构建出一套流域生态安全调控体系，包括建立流域综合管理协调委员会、完善流域生态管理法律法规与监督执法体系、完善流域资源环境规划和建设管理体系、建立和完善流域生态环境补偿机制、建立流域综合管理科技支撑体系、建立流域综合管理公众参与机制、建立流域综合管理资金保障体系、建立流域生态环境修复与治理体系。