地理信息系统（GIS）的在当前许多行业的应用逐渐推广，它给管理及经济的发展带来了不可估量的作用。“长江流域水资源保护决策支持系统”是受长江流域水资源保护局委托开发，是长江流域信息化建设的重要项目。本文详细描述了长江流域水资源保护决策支持系统的开发过程，探索如何把GIS的功能与管理信息系统（MIS，ManagementInformationSystem）结合并应用到流域的决策支持系统（DSS，DecisionSupportingSystem）中，分析和挖掘地理信息系统应用到流域DSS中的优势和应用前景。该系统综合运用计算机信息技术，结合采用GIS技术，实现了长江流域的水资源信息的集中、高效管理，以及流域水污染的预测、评价。为及时制定长江流域的水污染预防和控制策略提供参考信息。本系统可以对长江流域用水环境现状、排污状况、环境质量进行综合分析、评价、查询，在空间信息的查询、专题属性信息的查询和管理方面功能完备、操作方便，可为有效控制利用长江流域水资源提供信息支持。长江流域水资源保护决策支持系统的研制成功和应用推广将对长江江流域的信息化建设做出贡献，我国在“数字流域”乃至“数字地球”领域将再向前迈出一步。