新疆是我国重要的绵羊生产基地，细毛羊数量居全国首位，细毛羊业在国内处于领先地位。目前国内外毛纺产品也已经向轻薄、柔软、挺括、高档方向发展，对羊毛品质的要求逐步提高，因而，培育羊毛品质更高的绵羊，既是社会经济发展的需要，也是此领域科技进步的需要。但从目前情况来看，要提高或保持现有高品质细毛羊的羊毛品质存在一定难度，其关键问题是对控制绵羊主要经济性状的基因调控机制研究较少，特别是与绵羊毛品质相关的基因位点及相互关系尚不清楚，这就给相关性状的分子育种工作带来了困难，所以相关研究的热点之一是筛选出可用于对羊毛细度、羊毛长度进行标记的基因位点，针对此问题本研究在已有研究的基础上进一步从下面两个方面进行了研究： 一、中国美利奴（新疆军垦型）羊遗传多态性研究及其应用。 利用绵羊1号和6号染色体上的多个微卫星标记分析中国美利奴（新疆军垦型）羊的遗传多态性，并选择多态性丰富的微卫星标记用于羊毛品质不同的中国美利奴A品系（体格大、污毛率高）、B品系（毛品质好）的遗传多态性分析，同时还利用选择出的微卫星标记进行了绵羊亲子鉴定研究。 结果如下： （1）选择出的中国美利奴羊（新疆军垦型）羊9个微卫星基因座的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡，9个微卫星位点都处于高度多态PIC在0.5856～0.8046之间，杂合度在0.8128～0.9646之间，其中BM4621基因座的DP、H、PIC和PE都为最高，这9个位点多态性丰富可用于下面的实验研究； （2）A型羊和B型羊在9个位点的平均杂合度分别为0.7137和0.7676；平均有效等位基因数分别为3.6100和4.5005，有效等位基因数多的类型羊，其杂合度和多态信息含量也高，这些微卫星位点可以用来区分不同品系的绵羊，也可用于绵羊的亲子鉴定用。 二、中国美利奴（新疆军垦型）羊羊毛性状的微卫星分析。 利用实验一筛选的微卫星标记，研究微卫星基因型与羊毛细度和羊毛长度的相关性；同时研究个体基因杂合度与羊毛性状的关系；利用个体表型值及基因型效应分别计算公羊的育种值，并对育种值与后代的表型值进行了对比分析，探讨是否可以直接对种公羊进行分子选育。 结果表明： （1）经过对绵羊各座位不同基因型的各毛用性状的差异显著性检验分析，发现OarAE101、OarJMP8、BM143和ILSTS0044个微卫星基因座在羊毛自然长度性状的基因型间差异显著，可以对羊毛长度进行标记；微卫星BM1824，BM6506，BM6438对羊毛细度的标记达到差异显著水平，可以对羊毛细度进行标记，BM6438对羊毛回潮率性状的标记达到差异显著水平。 （2）以不同方法分类研究个体基因杂合度与羊毛性状的关系，结果均发现：不同分类方式分析结果大体一致。基因杂合度在0.5～1范围内，每增加0.05则绵羊细度升高幅度大约是群体羊毛细度均值的0.2％～2.5％。而每增加0.05，羊毛自然长度均值相应下降幅度大约是群体羊毛自然长度均值的1.2％～10.93％。 （3）对15只公羊利用分子标记检测结果进行育种值分析结果：通过基因型效应估计育种值，其结果与后代表型值更接近，因此可以直接利用基因型进行优质绵羊的选育，并可通过同型交配达到快速选种的目的。