马克思主义思想政治教育理论是马克思主义理论体系的重要组成部分。它是先进的马克思主义者在参加和指导无产阶级革命运动的实践中，结合无产阶级人民群众的思想实际而逐渐形成、丰富和发展的。它是进行思想政治教育的理论依据和思想武器，是党和国家制定思想政治教育方针政策的指针。思想政治教育承担着培养中国特色社会主义事业合格建设者和可靠接班人的历史使命，思想政治教育能否发挥其功效，直接关系着祖国未来的稳定、发展和进步。本文在学习和借鉴理论界对思想政治教育研究成果的基础上，以马克思主义理论为指导思想，结合新疆地区思想政治教育教学实践，坚持理论与实际相结合的观点，主要围绕四个方面对马克思主义灌输和清除理论的关系及其在新疆思想政治教育中的运用展开思考，为新疆地区思想政治教育的实效性和针对性以及教育教学改革发展做一些有益的尝试和探讨。首先，对马克思主义灌输理论进行了历史的追溯，说明灌输理论是发展的理论。马克思、恩格斯对灌输理论做出了初步表述，列宁对灌输理论的继承和发展做出了重大贡献，同时阐述了灌输理论的主要观点。其次，对马克思主义清除理论进行了历史的追溯，说明清除理论是发展的理论。马克思、恩格斯对清除理论做出了初步表述，毛泽东对清除理论进行了继承、发展和完善，并对清除理论的主要观点、马克思主义灌输和清除理论的意义进行了阐述。再次，对灌输和清除理论的关系研究。探讨了灌输和清除理论都是针对教育对象提出的，在思想政治教育过程中都体现出一种方法，二者的目的是一致的，并从思想政治教育角度、二者的辩证统一以及意识形态领域三方面阐述了二者的关系，同时阐述了灌输和清除理论在思想政治教育中的作用。最后，对灌输和清除理论在新疆思想政治教育实践中的问题及其对策分析。论述了灌输和清除理论在新疆思想政治教育实践中的现状，指出灌输和清除理论在新疆思想政治教育实践中存在对灌输和清除理论认识的不到位，对马克思主义灌输和清除理论的研究工作十分薄弱，对如何搞好灌输和清除的方法问题探索不足等问题，并对其原因进行了分析，提出了改进灌输和清除理论在新疆思想政治教育中运用的对策。