二十世纪五十年代以来,随着自然环境的变化和人为因素的影响,祁连山生态环境日益恶化,水源涵养能力下降,使得河西走廊水资源紧缺,自然灾害严重,越来越不适应河西走廊乃至下游地区的经济社会发展需要。1988年祁连山自然保护区成立后,为了保护自然资源,严格限制了当地群众习惯于靠山吃山、采集林木、中药材和其他林副产品等破坏环境的活动,这给当地居民的生产和生活造成很大影响。由此产生了保护与生存、发展的矛盾,在一些地方甚至比较激烈。基于此,有必要对如何实现保护区与周边社区的协调发展进行研究,以期实现生态效益、经济效益和社会效益的共赢。本文以祁连山自然保护区境内重点区域肃南县作为研究对象,选取了人口、社会经济、资源环境三个一级目标层下的14个指标,用主成分分析法、层次分析法以及协调度计算公式,测评人口子系统、社会经济子系统和资源环境子系统三个子系统发展水平和综合系统发展水平,以及三系统的协调度。分析结果表明：从2000年到2008年,大部分年份研究区域综合系统发展水平处于极低水平,但呈现出逐年上升的趋势；社会经济子系统和资源环境子系统两系统之间表现为极不协调；人口子系统与社会经济子系统发展较为协调；人口子系统与资源环境子系统的协调度各年份之间的差异较大；各年份三个系统的总协调度值总体较低,变化呈现先上升后下降的趋势；最后,基于评价结论提出祁连山自然保护区与周边社区和谐发展对策建议。