人民调解协议司法确认制度是我国推进社会管理体制创新的成果,也是贯彻诉调对接的一次探索。该制度已经正式写入《中华人民共和国人民调解法》,最高人民法院颁布的司法解释也细化了相关的程序规则。在民事诉讼法修改之际,理论界对司法确认程序的性质、效力和具体的程序规定存在较大争议,地方法院和司法行政部门贯彻该项制度的作法也比较多样化,机构职责交叉、分工不明的情形普遍存在,作为调解主体的人民调解组织也存在制度化建设偏低、调解人员素质不高的弊端。本文将司法确认制度的适用范围限定为两种情形：一种是完全与法院无关,当事人在接受各种调解组织调解并达成解决纠纷的协议后到法院确认；一种是起诉后、立案之前并且没有法院实际参与的调解,达成协议后当事人申请确认。在肯定司法确认制度价值的基础上,本文以制度目的为出发点,将司法确认程序定性为非诉程序,承认确认决定有相对的既判力,对相关的争论和程序规则进行了系统的评析。对司法确认工作中的问题,应当从宏观理念上正确引导和具体程序上加以改进。全文共分五章：第一章人民调解协议司法确认制度的概念和价值。本章将司法确认制度的适用对象限定为与法院无关或无实际参与的调解协议。认为司法确认本质上为赋予有效的民事调解协议以强制执行力,建立在当事人的合意与审查程序的正当性上。第二章人民调解协议司法确认程序的性质和效力。本章对理论界关于司法确认程序性质的争论进行详细的评析,认为司法确认为一种从制度日的出发的非诉程序,对人民调解协议的法律约束力应该结合法律的前后文作整体理解,对其既判力应该持一种相对的观点,即否认其积极既判力,肯定其有消极既判力效果。第三章对国外和我国台湾相关制度的考察。本章从比较法的视角,对域外类似制度进行了考察。分别介绍了美国附设在法院的调解、日本民事调停、德国起诉前强制调解和我国台湾地区的乡镇市调解,并和人民调解协议司法确认制度进行对比,指出存在的共性和差异,认为台湾地区的乡镇市调解制度是值得引荐的模板。第四章和第五章集中讨论目前司法确认存在的问题。从司法确认制度潜在的消极影响、具体的程序规则和确认工作中存在的问题分别展开讨论。认为在推进司法确认制度中,有偏重纠纷解决、忽视程序规范的倾向,对调解协议进行实质审查不符合制度目的,目前对当事人的救济力度也不够。各地在实践中,普遍存在确认流程不规范、调解组织制度化程度偏低、各机构职责不清的问题。第五章完善人民调解协议司法确认制度的途径。本章从宏观政策和微观制度两方面对司法确认制度的完善提出了建议。宏观方面,在推进司法确认制度时应该将纠纷解决和程序理念并重,明确界定调解机构、司法行政部门和基层法律服务所的职责,在分工负责的基础上相互配合。微观方面,首先,对申请确认的人民调解协议应坚持形式审查,确认文书应该采用裁定书的形式,确认决定作出后存在错误的,应该允许当事人申请撤销确认决定；其次,建立科学的确认流程和制度评估体系,由法院的立案庭受理案件后进行分流,并针对司法确认案件设立专门的统计口径；最后,推动人民调解组织制度化建设,司法行政部门加强宣传培训,严格调解人员的准入,地方政府的工作重点应为协调配合与经费保障。