知识经济时代，知识已经成为企业生存和发展的基础，基于知识联盟的企业合作创新已经成为企业在激烈的市场竞争中获取竞争优势的重要途径，但是由于合作创新系统的内外部环境、结构形式、功能等方面随着科技的进步以及人们对其要求的不同都发生了很大的变化，也变的越来越复杂，本文就是基于这样一个复杂性科学的思想对研究对象展开了相关的研究。以往对合作创新或知识联盟的研究大多采用的是用分散的还原方法对其进行的一些片面、局部的相关研究，但合作创新系统作为一个整体拥有系统的复杂性特征和整体特性，单纯的利用还原论方法可能无法准确的揭示其特性和运行的规律。随着近年来复杂性科学的兴起，为知识联盟企业合作创新系统的研究提供了一个很好的思路，避免了以往从片面、零碎角度进行合作创新研究的缺点。本文首先提出了知识联盟企业合作创新具有系统的内涵和特性以及系统的绩效评估框架，接着基于层层递进的思维方法能够将问题研究的更加透彻和深入，对知识联盟企业合作创新系统重点的进行了复杂性分析。再次对知识联盟企业合作创新系统中典型的“校企研”合作创新系统进行了基于复杂性的多主体建模，针对知识联盟主体合作创新的特性指标数量及其可能的结构形式建立不同复杂程度下的“校企研”系统的广义NK模型，并进行了计算机的仿真模拟，通过列表比较分析了不同复杂程度的合作创新方式，得出了知识联盟企业合作创新的规律并提出了相应的对策，为今后企业进行基于知识联盟的”校企研”系统选择时提供了一定的借鉴意义，并为相关问题的复杂性研究提供了一定的理论基础和现实意义。