主体功能区战略的提出旨在构建科学合理的资源空间配置结构,实现经济发展的同时促进生态功能的提升。但主体功能区内在结构和外在政策的差异急需国家建立主体功能区功能补偿政策以缓和利益失衡状况。当前静态、短期、统一“一刀切”的生态补偿计量标准并没有考虑生态系统功能实际效果,也没有考虑功能区的实际经济与生态发展水平,无法为主体功能区功能补偿政策的建立提供足够的补偿计量支持。鉴于此,建立一套科学合理,动态、长效,因地制宜的主体功能区功能补偿区间的会计计量体系势在必行。主体功能区功能补偿区间的会计计量研究不仅能够量化主体功能区功能补偿,填补功能区功能补偿转移支付空白,而且能够完善主体功能区功能补偿会计计量信息,缓解功能区绿色会计信息供需矛盾。本文采用理论分析、实地调研、专家咨询、实证检验等手段,从主体功能区功能补偿的会计计量目标、功能补偿的会计计量责任主体、功能补偿的会计计量对象三方面分析主体功能区功能补偿的会计计量基本内容；从生态成本、生态收益创新设计主体功能区功能补偿区间的会计计量模型,从而构成面向主体功能区统筹发展的功能补偿区间的会计计量模式。以黑河湿地主体功能区为具体研究对象,通过实地调研主体功能区功能补偿区间相关数据,对补偿区间会计计量模型加以应用,并采用条件估值计量方法验证了功能补偿计量标准位于功能补偿区间范围,从民主角度为主体功能区的功能补偿会计计量提供验证依据；最后,从功能补偿运行机制、功能补偿区间计量的决策机制、功能补偿区间计量的监督机制三方面提出主体功能区功能补偿区间会计计量研究的政策建议。