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本试验以焉耆马、伊犁马和蒙古马3个品种所采集的196个个体为材料,采用PCR-SSCP及DNA测序技术,在DNA水平上对MSTN及GH基因多态性进行研究,并将基因多态性与马体尺性状进行关联性分析。研究结果如下:对MSTN基因的多态性检测,其中焉耆马和伊犁马存在多态性,产生了AA、AG和GG三种基因型;蒙古马未检测到多态性。经DNA测序,发现在第一内含子区域一个碱基发生突变:g.2115A→G(GQ183900.1)。通过Hardy-Weinberg平衡检验,在焉耆马与伊犁马中MSTN基因处于Hardy-Weinberg非平衡状态。对GH基因进行多态性检测,发现所测三个品种均存在多态性,产生了CC、CD及DD三种基因型。经DNA测序,在第五外显子区域检测到一个突变位点g.1464T→C(NC009154.2)。通过Hardy-Weinberg平衡检验,发现焉耆马与伊犁马GH基因处于Hardy-Weinberg平衡状态,蒙古马处于Hardy-Weinberg非平衡状态。MSTN基因不同基因型与体尺性状进行相关性分析表明,在焉耆马和伊犁马群体中,不同的基因型对体尺性状产生了显著性的影响。其中焉耆马群体中,胸围GG型和AG型显著长于AA型;伊犁马群体中体长GG型显著长于AA型,胸围GG型显著长于AG型,极显著长于AA型,管围AG型极显著长于AA型。使用一般线性模型GLM对所测三个品种马匹体尺进行方差分析,发现不同品种差异及不同基因型对体尺差异均有极显著意义。蒙古马GH基因不同基因型与体尺性状进行相关性分析表明,不同的GH基因型对体尺性状产生了显著性的影响,蒙古马群体中,体高、体长和胸围CC型和CD型显著性高(长)于DD型,管围CC型显著长于DD型。MSTN及GH基因对马体尺性状具有显著性影响,在马匹育种与改良过程中具有作为分子标记辅助的价值。