本文选取五对大豆作图群体亲本为材料，以大豆功能基因为研究对象，从DNA序列水平上进一步研究大豆单核苷酸多态性的频率、特征及其分布，为更有效地发展大豆功能基因的SNP标记，构建大豆SNP连锁图谱提供必需的研究基础。主要结果如下： 1、从Genbank数据库中查找并筛选出455条大豆功能基因的DNA序列。通过对这455条基因序列设计引物，PCR扩增和测序分析，发现有300对引物(65.9％) 测序峰图清晰，其中231对引物发现了 SNPs 位点；其后，将之前PCR扩增或测序结果不好的155对引物和未发现SNPs位点的69对引物，在相应基因片段的其他区域重新设计引物，共104对，检测后发现151对(67.4％)引物所扩增出的片段测序峰图清晰，其中120对引物发现了SNPs位点；之后，再对第二次实验PCR扩增和测序结果不好及未发现SNP位点的基因第三次设计引物104对，发现63对(60.6％)引物所扩增出的片段测序峰图清晰，其中35对引物发现了SNPs位点。在三次实验中，设计引物测序的成功率均明显高于前人的研究结果，可能与本研究引物设计的方法有关。 2、在514个DNA片段共219 581 bp的序列中发现了1 419个SNPs位点，其中编码区含有528个SNPs位点，非编码区含有891个；两者的核苷酸多态性(θ值)分别为 0.00143和 0.00235，表明非编码区的单核苷酸多态性高于编码区；这与前人的研究结果是一致的。同时本实验所测得的SNP频率高于 Zhu等人的结果，可能与实验选材有关。在这1 419个SNPs位点中，有650个转换、519个颠换和250个插入缺失，转换和颠换的比值为1.3:1。 3、我们发现，南农86-4×PI342618B和南农99-10×PI326582B这两对野生栽培型组合的多态性相似且较高；亲本组合绥农14×绥农20的多态性最低；而组合科丰一号×南农1138-2和Essex×兴县灰不支具有相似的多态性，且介于以上二者之间。将10份亲本材料按不同的方式组合查找SNP位点和多态基因位点，两两组合时发现南农86-4×PI326582B是一对很好的组合，查找的SNPs位点和多态基因位点最多；将现有亲本组合两两组合时发现查找到的SNP位点和多态基因位点有较大提高，达到总数的70％以上；而三对亲本相互组合时查找SNP位点和多态性的的效率没有明显提高；将五对亲本组合在一起时，能大大提高SNP挖掘的效率，是最佳组合。