内蒙古绵羊梅迪—维斯纳病毒全基因组序列的测定与分析

来源 :内蒙古农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:XHR
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
梅迪-维斯纳病毒(Maedi-visna virus,MVV)是引起梅迪-维斯纳病(Madeivisna disease,MVD)的病原。MVV属于逆转录病毒科,慢病毒属的成员。病毒可引起绵羊呼吸系统和神经系统疾病,临床症状表现为体重下降,呼吸急促。目前该病几乎存在于除澳大利亚和新西兰外的世界所有养羊国家,潜伏期较长,一旦发现基本就发展到病程晚期,最终因各种继发性感染而死亡,目前还没有有效的防治方法。为了解内蒙古地区MVV的分子结构特征和遗传变异情况。本研究通过PCR技术和病理组织学方法鉴定了1例自然感染MVV的梅迪-维斯纳病例。以阳性MVV病例的肺组织为试验材料,对处理后的肺组织悬液进行蔗糖密度梯度离心以达到病毒纯化的目的,结果显示,在30%~40%(g/m L)的蔗糖层富集到病毒粒子,通过电镜负染色的方法,在透射电镜下观察到了直径为80nm左右的病毒粒子。利用Illumina Hiseq 4000二代测序技术对MVV阳性绵羊病肺组织进行病毒全基因组序列的测定,结果显示,样本包含1731.5 Mb的原始数据,质控后有效数据量为1149.3 Mb,测序深度为188295倍,测序质量值≥20(Q20)的碱基所占比例平均为96.64%,测序质量值≥30(Q30)的碱基所占比例平均为90.48%,GC平均含量为43.04%,把Reads比对到组装好的基因组序列上,统计组装序列的GC含量和Reads覆盖深度,呈现出高度集中趋势,以上数据表明,二代测序结果质量较高。本试验经过拼接和优化后的MVV基因组全长为9193bp,命名为NM1111,将基因组序列上传Gen Bank数据库,登录号为MW248464。通过基因组特征分析,预测了NM1111的基因组信息,并绘制基因组结构图;通过同源性分析,结果表明,全基因组核苷酸序列与各参考株核苷酸序列的同源性为74.0%~81.4%,gag、pol、vif、tat和env与各参考株核苷酸(氨基酸)的同源性分别为82.8%~86.8%(74.8%~92.4%),79.9%~83.1%(83.0%~88.2%),73.6%~77.5%(68.4%~79.9%),75.1%~82.1%(73.4%~81.9%),67.7%~69.2%(60.2%~64.1%);进化树结果表明,NM1111与A2型MVV聚为一支,基因型为A2;突变分析结果表明,Gag蛋白的MHR存在天冬氨酸(D)到谷氨酸(E)的突变,Env蛋白变异程度较大,表面蛋白V4区存在5个氨基酸插入,SU5抗原表位在氨基端有一个完全保守的基序(VRAYTYGV),在羧基端有一个高度可变的基序。本研究提供了首个内蒙古地区的MVV完整序列,填补了中国地区MVV基因组全长序列在Gen Bank数据库中的空白,为中国地区MVV分子生物学特性研究提供参考资料。
其他文献
大气氮沉降增加和降水格局变化作为全球气候变化的重要现象,对草地生态系统的影响已成为生态学领域研究的热点问题,荒漠草原受到水分和养分双重限制,对全球变化有着先行指示者的作用。研究氮沉降和降水变化对荒漠草原生态系统土壤微生物群落的影响,可为全面分析和评估全球变化对草原生态系统的影响,草地的合理利用、生物多样性保护和退化草地的恢复提供理论依据。本研究基于短花针茅荒漠草原外源氮素添加和水分变化模拟氮沉降和
我国是玉米种植大国,秸秆资源丰富,且秸秆中富含大量牲畜可食用的营养成分。玉米秸秆饲料收获机种类较多,其中一次可完成捡拾、粉碎和抛送作业的牵引式秸秆收获机是较为适合我国大部分地区秸秆收获的机型,但在我国西部一些土壤总体含沙量较高的地区,牵引式秸秆收获机在捡拾粉碎秸秆时,易产生玉米根茬与土壤之间接触松动或玉米根茬被拔出的现象,导致收获秸秆含杂率较高。本文以4JS-220型秸秆饲料收获机为研究对象,获取
豪猪是一种外观奇特的啮齿科动物,因背部长有长长的棘刺而出名,具有较高的经济价值。豪猪养殖过程中经常发现皮肤因打斗发生撕裂的现象,撕裂后豪猪伤口的愈合及再生能力非常强,同时豪猪进化出非常独特的防御机制,背部长有锋利又坚硬的棘刺。豪猪的毛被类型复杂,但豪猪棘刺本质上同样是毛囊周期性生长的产物,但作为一种毛被的变异,在形态学上与普通的哺乳动物的毛发差异还是相当明显。本实验在积累形态学观察的基础上,借助组
苜蓿有“牧草之王”的美称,不但产量高、品质优良、营养丰富,而且还能改善土壤、保护环境。将其压缩成草块,既可以解决由于苜蓿本身松散、杂乱无规则而带来的贮存和运输困难问题,还很大程度上保留了牧草原有的营养成分。但目前国内外压缩成型的机械设备普遍存在关键部件磨损严重、生产过程能耗较高等问题,严重阻碍了成型设备的推广使用。为了解决这些问题,课题组利用振动减小摩擦及变形阻力、振动压实等原理,将振动力场引入到
葡萄(Vitis vinifera)是世界上最古老的栽培果树之一,与苹果、柑桔和香蕉并列为世界四大水果,但同时也是最易遭受病毒侵害的果树之一,病毒会严重影响葡萄产量与品质,近年来内蒙古自治区设施葡萄和露地葡萄种植面积呈不断扩大的趋势,为了解内蒙古自治区葡萄病毒种类及其分离物株系归类,本研究使用常规RT-PCR法对采自区内7个市区的69份葡萄样品进行14种葡萄病毒检测,结果显示共检测到9种葡萄病毒,
沙葱萤叶甲Galeruca daurica(Joannis)是一种近年来在内蒙古草原上猖獗成灾的新害虫。本研究旨在克隆沙葱萤叶甲钙结合蛋白(calcium-binding protein,Ca BP)基因,分析其在沙葱萤叶甲不同发育阶段及不同温度下的表达谱,应用RNAi技术明确其对沙葱萤叶甲3龄幼虫发育历期、体重及存活率的影响,为进一步探究其在沙葱萤叶甲生长发育过程中的作用奠定基础。1.沙葱萤叶甲
泌乳期奶牛的高强度代谢以及泌乳前期处于能量负平衡状态引起的脂肪动员加强,均会导致体内自由基蓄积过多,发生氧化应激,进而引起产奶量和乳品质下降。壳寡糖(COS)作为天然抗氧化剂,在动物的抗氧化和抗炎症方面具有促进作用。奶牛外周血单个核细胞(PBMC)是一类重要的免疫效应细胞,其抗氧化能力与奶牛的抗氧化和免疫能力密切相关。因此,深入研究COS缓解PBMC氧化应激的机理,为通过营养调控缓解氧化应激,提高
随着内蒙古地区奶牛和肉牛养殖业的发展,犊牛大肠杆菌病的发病率也随之升高。犊牛大肠杆菌病的持续、反复、难治性感染,是否与大肠杆菌生物被膜的形成有关?大肠杆菌生物被膜阳性菌株对兽医临床上常用的抗菌药物是否敏感?敏感药物对大肠杆菌生物被膜的形成有何作用?是否可以通过调控生物被膜形成相关基因的表达影响大肠杆菌生物被膜的形成?在此背景下,本课题旨在阐明内蒙古地区犊牛源大肠杆菌生物被膜的形成情况和耐药情况,以
内蒙古绒山羊是我国重要的绒肉兼用型绒山羊品种,其绒毛是重要的毛纺织原料,具有纤细、柔软、轻薄等优点。山羊绒是一种源自于绒山羊次级毛囊的角质化产物,内蒙古绒山羊次级毛囊的生长周期可划分为三个阶段:生长期、退行期和休止期,绒毛的生长与脱落的过程与次级毛囊生长期的活跃增殖到退行期的凋亡再到休止期的停止生长的一系列周期生物学变化直接相关。研究发现许多1nc RNA在皮肤毛囊的生长具有周期性的特点,因此本研
本论文研究了雌激素和催乳素单独或组合添加对奶牛乳腺上皮细胞(BMECs)酪蛋白合成的影响,并从m TOR和JAK2-STAT5信号通路关键基因表达的角度初步阐释了其机理,旨在探明促进BMECs酪蛋白合成适宜的雌激素和催乳素水平,为调控奶牛乳成分合成提供理论依据。本论文包括三部分试验。试验一研究添加不同水平的雌激素(0、50、100、200、400 ng/m L)对BMECs增殖、酪蛋白基因以及m