“邪教”犯罪是中国古代社会长期存在的重大社会问题，历来为统治者所严厉的打击。清代集中国古代立法之大成，其惩治“邪教”犯罪方面的规定代表了这一领域最高的立法水平，但同时清代也是“邪教”犯罪最为频繁的时期。为什么会出现此种情况？是法律本身的缺陷，还是司法实践中出了问题？引发了笔者的极大兴趣。针对上述的疑惑，笔者综合的运用了实证分析、比较研究、法社会学等多种研究方法，以雍正七年到道光二十年这百余年间的立法成果与司法案例为研究对象，着重考察了法律在司法实践中的使用情况，以期能够解答上述的疑惑，并为当下反“邪教”斗争的深入提供可资借鉴的经验和教训。　　 本文在结构上共分为五个部分:第一章，着重阐述了“邪教”以及“邪教”犯罪的概念和特征，指出其本质上具有宗教和政治的双重属性，并根据不同的标准对其进行了分类;第二章，对清代惩治“邪教”犯罪的立法进行了简单的梳理，既有对“倡立邪教”、“传习邪教”等首创性条款的介绍，也有对传统的“师巫邪术”、“妖书妖言”律的解析;第三章，根据“邪教”犯罪的社会危害性，将其大致分为“谋逆”型、“寻常”型和“温和”型三类，并结合其各自的相关案例，着重考察了各级官员在审理不同类型案件时对法律的使用情况，总结并归纳了影响其定罪量刑的主要因素;第四章，是对清代惩治“邪教”犯罪所取得的效果的分析，结合大量的司法案例，笔者发现清代的“邪教”在遭到打击后一般会出现以下三种情况:一、逼不得已、聚众起事;二、更改教名，或与它教结合，以减少官府的注意;三、改变性质，有选择的蜕变成帮会或会道门组织，使其脱离“邪教”的范围，从而摆脱被打击的命运;第五章，概括了清代打击“邪教”犯罪在立法和司法中的特征，总结相关的经验和教训，并指出其对当下反“邪教”斗争的启示。　　 尽管清代惩治“邪教”的立法较此前有了较大的进步，但立法上的概念不清，造成了实践中缺乏对“邪教”犯罪统一的认定标准，因此导致了实践中打击范围的扩大化。此外，在司法实践中皇帝的主观意志凌驾于客观的法律之上，对定罪量刑起到了决定性的作用。受此影响，各级官员在办案过程中常对法律作出变通性的使用，以达到对其最为有利的目的。正是由于立法上的先天不足以及司法中人治对法治的压制，使得清代惩治“邪教”犯罪的立法目的与司法实践所取得的效果并未能达成一致。从而使清代成为历史上“邪教”问题最为严重的朝代。