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喀斯特钙华景观是一个重要而特殊的地貌，在我国西南山区广泛分布，生境类型多样，包括瀑布、沼泽、湖泊、泉水等，其水资源非常丰富，是藻类数量及种类较为丰富的地区。牟尼沟位于四川省阿坝藏族羌族自治州松潘县境内，是世界自然遗产黄龙国家级风景名胜区的重要组成部分，属于典型的喀斯特钙华景观，占地160平方公里，最高海拔4250米，最低海拔2800米，年平均气温7℃，景区由扎嘎瀑布和二道海两部分组成。主要钙华类型有：钙华瀑布、温泉、高原溶蚀陷落湖，钙华彩池、钙华沼泽等。2011年8月，2012年5月、10月，我们分别对牟尼沟地区进行了三次硅藻标本采集，共采集149号。对标本中的硅藻门植物进行了观察和鉴定，并初步分析了硅藻的种类组成和生态特征，共鉴定硅藻种类192个分类单位，隶属于3纲11目19科56属。在中心纲中鉴定硅藻种类5个分类单位，隶属于2属；在脆杆藻纲中鉴定硅藻种类30个分类单位，隶属于7属；在杆状藻纲中鉴定硅藻种类157个分类单位，隶属于47属。其中中国新纪录属一属Muelleria，新使用属名一属Halamphora，中国新纪录12个种（变种）。所有种类都附有数码照片。本文对该区域中硅藻的种类组成和生态分布特点进行了初步分析与探讨。1.牟尼沟景区的生境类型可以大致分为四种类型：钙华瀑布（扎嘎瀑布、钙华堤坎），钙化彩池（翡翠湖、二道海、柳影湖等），温泉（温泉湖，牛鼻泉），沼泽（花海、草海）。四种类型景观差异较大，理化因子不同，在不同生境中硅藻的种类组成也有各自的特点。2.不同季节硅藻种类组成不同，但差异不明显，其中夏季硅藻的种类组成最为丰富。3.对比了国内外几个喀斯特地区的硅藻种类组成，得出牟尼沟地区的种类组成较为丰富。