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本文对抗体结合位结构比对技术进行了探讨。本研究在蛋白质结构比对的基础上，根据抗体结合位的空间结构特性，提出了一种新的结构比对方法。该方法是建立在原子空间坐标信息的基础上进行的结构比对，没有使用任何氨基酸序列信息，所以是一种真正的三维结构比对方法。该方法通过建立局部坐标系将比对物体配准，进而查找匹配的原子；然后逐步扩大搜索区域来查找最大局部相似结构，接着使用ICP法提高匹配的精度，将匹配的结构位点作为生物学研究的数据，并通过实验证明了本算法的可行性。