本研究利用15个微卫星标记,对唐山奶山羊、辽宁绒山羊、南江黄羊、承德无角山羊、雷州黑山羊5个山羊品种共计319个个体的遗传多样性进行了研究。探讨了各品种内的遗传变异及群体间的遗传关系。旨在为山羊遗传资源的合理利用和科学保护提供理论依据。从GeneBank中筛选出来的15个微卫星位点,在5个山羊品种中均得到了较好的特异性扩增结果。共检测到169个等位基因,平均每个位点达11.3个,数目最多的位点是BM3413和BMS1004,为14个,最少的位点是BM203,为8个；可以较好的用于5个山羊品种的遗传多样性评估。有效等位基因数为76.5518,明显小于实际观察的等位基因数,这是等位基因频率分布不均匀的因为。经哈代—温伯格平衡检验,几乎所有的位点在5个山羊品种中都处于遗传不平衡状态,只有个别位点在个别品种中基本达到平衡,如BMS1248位点在承德无角山羊中,BMS574位点在辽宁绒山羊中,基本达到平衡。以等位基因频率为基础,得出的位点的杂合度(H)在0.6566～0.8875之间,群体的杂合度(H)在0.7936～0.8202之间；属于高度杂合位点和高度杂合群体。位点的多态信息含量(PIC)在0.5982～0.8773之间；群体的多态信息含量(PIC)在0.7675～0.7973之间；均属于高度多态；其中BMS1724位点的杂合度和多态信息含量最高,分别为0.8561和0.8405；雷州黑山羊的杂合度和多态信息含量最低,分别为0.7936和0.7675,表明15个微卫星位点在5个山羊群体中均具有较高的多态性。通过对15个微卫星位点进行中性测试,发现有3个位点(BM203、BM3413和BMS2508)置于95％的置信区间,属于中性位点；其余12个位点则为非中性位点。运用F-统计量分析结果显示:5个山羊品种在15个位点上的亚群体固定指数(FIS)>0,说明群体内存在一定程度的近交；FST的平均值为0.0620,说明这5个品种的遗传分化程度较低。群体每代迁移数在1.9795～9.9089之间变动,平均值为4.3128。计算了总群体杂合度、亚群体杂合度和遗传分化系数,结果表明群体间的变异程度占总群体的6.2％,群体间变异程度不高。运用软件Dispan获得了Nei氏标准遗传距离(DS)和Nei氏几何遗传距离(DA),并根据DS和DA分别进行系统发育树N-J和UPGMA聚类；得到的四种聚类结果基本一致,都是唐山奶山羊、承德无角山羊和辽宁绒山羊聚为一类,南江黄羊和雷州黑山羊聚为另一类；这种聚类结果与山羊品种的地理分布基本一致。