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棉花是首要的纤维作物,不只可为纺织业提供优质的天然纤维,还可作为食品行业优质的植物蛋白和油料的来源。陆地棉因具备适应性广和产量高等特点,在世界各地广泛种植。陆地棉的产量高达全球棉花总产值的95%。但是陆地棉的纤维品质中等,这就不能满足纺纱行业的需求,所以急需改良。借助分子标记技术辅助育种改良是一种高效有效的方法。棉花野生品种达尔文氏棉具有抗虫、耐旱、纤维细度好等陆地棉不具有的特性。因而通过陆地棉和野生棉品种达尔文氏棉杂交构建遗传图谱,为棉花纤维品质等优异性状的QTL精细定位和候选基因的鉴定奠定基础。本研究利用中棉所35号×达尔文氏棉杂交构建BC1群体,基于SSR标记对实验室已经构建的（（中棉所35号×达尔文氏棉）×中棉所35号）BC1群体的遗传连锁图谱进行标记加密。通过比较图谱上的标记对应的陆地棉和海岛棉基因组的物理位置,分析棉花基因组染色体结构变异。主要结果如下:1.引物多态性筛选本研究利用实验室已有的引物以及新合成的引物共14957对SSR引物对两亲本进行引物多态性筛选。最终获得共计1154对多态性SSR引物,多态性所占比例为7.78%。其中引物多态性所占比最高的引物为NAU,多态性比例达到17.75%。2.群体标记基因型检测与偏分离检测利用群体基因型检测获得的1313标记位点并结合课题组前期定位到遗传图谱上的996个位点,总共获得2309个位点。对获得的2309个标记位点进行偏分离检测,检测显示有178个位点偏离孟德尔分离比即本实验（a:b=1:1）,占总标记位点的7.71%。其中A亚组有65个偏分离标记;D亚组有113个偏分离标记。第18染色体分布偏分离标记最多,共包含24个偏分离位点,占该染色体总标记位点26.37%。3.遗传连锁图谱加密利用经过群体基因型检测获得的1313标记位点并结合课题组前期获得的996个标记位点构建了一张包括2309个标记位点的高密度陆地棉和达尔文氏棉种间遗传连锁图谱,标记间的平均距离为1.73 cM。图谱总长度为4002.16 cM,覆盖陆地棉基因组基的98.47%。其中A亚组共有1006个标记位点,覆盖长度为2094.06 cM,标记间平均距离为2.08 cM;D亚组共有1303个标记位点,覆盖长度为1908.10 cM,标记间平均距离为1.46 cM。4.染色体结构变异分析本研究构建的遗传图谱与陆地棉的物理图谱比较,发现了遗传图谱在染色体Chr07、Chr08、Chr15、Chr22、Chr25存在5处倒位现象;与雷蒙德氏棉的物理图谱相比,发现了遗传图谱中的两大相互易位A02/A03、A04/A05;8处简单易位（Chr02、Chr04、Chr11、Chr13、Chr18、Chr21、Chr22）和8处倒位（Chr08、Chr11、Chr12、Chr15、Chr17、Chr18）现象。5.陆、海遗传图谱和陆、达遗传图谱比较本研究所构建的陆地棉×达尔文氏棉遗传图谱与陆地棉×海岛棉遗传图谱中的共有标记进行比较发现,多数标记在两个遗传图谱间都呈现很好的共线性关系,但在与陆地棉×海岛棉遗传图谱中的共有标记比较发现在染色体Chr01、Chr03、Chr07、Chr08有倒位现象。