随着我国财政不断向教育,尤其是高等教育加大投入,许多高校得到了较大的经费支持,尤其是“211工程”和“985计划”院校,更是有较大的专项经费投入,部分高校的专项经费已经达到或超过本单位财政拨款收入的50%,成为重要经费来源。高校的学科发展水平是评价高校发展质量的重要评价标志,重点学科的发展水平更是发展的着重点,也是财政经费特别是专项经费投入的要点。在目前我国采用“两上两下”的“零基”预算管理模式下,申请专项资金需要单独项目文本。高校往往将重点放在专项经费的申请即项目文本的撰写上,对重点学科建设与专项经费管理间的相互作用、绩效关系研究的不多,只是片面强调设立专项经费或者提高专项经费的投入对较强重点学科的重要性,而如何运用专项经费支持重点学科建设,如何评价专项经费投入后重点学科建设成果、效益等研究较少。全国人大对财政资金已明确提出了建立绩效评价体系的要求,北京、云南等多地已于近年逐步开展对财政专项经费绩效评价的实践性操作。财政部、教育部已经在教科文系统率先对专项经费与重点学科建设的绩效测评方法进行试验性探索。本文以绩效评价为宏观背景,对专项经费管理与重点学科建设进行研究,按照绩效评价的经济性、公平性、效益性原则,结合其目标和特点,对专项经费管理与重点学科建设的相互作用进行了分析研究,并通过引入战略管理工具——平衡计分卡,试建了一套适合研究高校专项经费管理与重点学科建设战略目标的绩效评价指标体系。运用层次分析法来确定指标体系的权重,并以X高校“211工程”三期的11个建设项目的专项经费为切入点进行了绩效评价分析,并根据评价结果提出了相应的改进措施和建议。本研究利用绩效评价体系,通过对专项经费管理与重点学科建设的研究,浅析了专项经费与重点学科建设的相互关系、作用,希望能够为高校的健康、可持续发展提供参考依据。