随着2013年《行政事业单位内部控制规范》和2014年新的《高等学校会计制度》的出台,在各级主管部门管理和监督的新常态下,各高校对财务管理体制进行了相应的改革,这些改革措施的实施,对于公共财政色彩浓厚的高校来说,是对管理的合规性和精细化提出了更高的要求,使高校财务管理的机制得到了转换,财务人员的结构得到了优化,进而在一定程度上达到了提高了财务管理水平的目的。同时随着十八大以来数十位各级高校的领导相继落马,高校科研经费、国有资产管理、基本建设等管理成为重点风险区域,这就要求我们需要在最快的时间内建立起一套符合高等学校特点的财务内控体系。再加上国家对于高等教育投入在近年来的持续加大,各个高校的资金量的膨胀与规模扩张,需要系统化的内部控制体系作为事业发展的管理支撑。多渠道的资金来源于多元化的业务活动,行政管理与学术管理并重的管理模式,也需要行之有效的内控体系提供管理支持。新的制度的施行,所带来的新的理念和观念的产生,就势必会对一些已有的工作方法和流程产生影响,这时候如何在新的形势下,有效地约束新的工作行为,这就需要尽早尽快的强化和完善内部控制制度。本文通过对财务内部控制理论的综述和高校财务内部控制现状的分析,从预算管理、会计审核、组织结构、资金管理、资产管理、内部审计六方面在内部控制中的作用和存在的不足之处,运用自己在工作中积累的实践知识和理论知识,对财务内部控制中主要的关键点提出了一些改进和完善的措施,并在一些章、节中插入了自己在会计工作中遇到的实际例子,用实例证实理论。文章最后提出了高校实施内部控制过程中应注意的问题,目的在于为各高校在实施财务内部控制时得到警示,更好地防范局限性和避免问题的出现,使高校财务内部控制得到更好的执行效果。