商业银行效率直接影响到商业银行的核心竞争力，因而对商业银行效率的研究一直备受学者热衷。从商业银行效率的测度到商业银行效率影响因素的分析，前人都做了许多工作。可是面对热议的商业银行高管薪酬问题。从定量的角度分析高管薪酬与商业银行效率两者之间关系的文章还相对较少。高管薪酬是否真的对商业银行的效率有着实质性的影响。本文从这一研究点出发，首先采用理论分析从委托代理的角度阐述高管薪酬对商业银行经营产生的影响，其次运用非参数DEA方法测度我国2005年到2010年五年间23家商业银行的成本效率、技术效率、纯技术效率、规模效率和配置效率。并利用面板数据模型，在引入影响商业银行的风险方面、资产配置等控制变量的基础上，加入高管薪酬这一解释变量，研究高管薪酬与商业银行效率之间的统计关系，从实证的角度分析高管薪酬对商业银行效率的影响。通过商业银行各年份与各种效率值之间的比较本文发现，针对国有银行规模效率较低，应撤销部分无盈利分支机构，降低管理费用，以提高规模效率。股份制和城市银行要合理控制其规模扩充，保持其高的规模效率。城市商业银行要有针对性地提高其管理技术水平。从商业银行效率的回归结果看，本文发现在加入高管薪酬这一解释变量后，回归模型的拟合程度有了明显的提高。并分析在加入高管薪酬这一解释变量后，高管薪酬与各个效率值的相关程度。发现高管薪酬与成本效率、纯技术效率、和配置效率都有显著的相关性。合理的高管薪酬有助于提高商业银行的效率值。因此应更加强高管薪酬与商业银行业绩挂钩的程度，并通过股票期权等长期的薪酬激励加大高管承担风险的程度，更关注于长远利益，避免短期行为。