LncRNA H19-microRNAs-酪氨酸代谢通路调控网络影响壮族人精神分裂症发生及其作用机制研究

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目的检验长链非编码RNA H19(lnc RNA H19)与壮族精神分裂症的相关性,构建lnc RNA H19-micro RNA(mi RNA)-酪氨酸代谢通路(TMP)调控网络;找出网络中与壮族精神分裂症相关的差异表达mi RNAs,并进行诊断价值评估;检测关系轴中lnc RNA H19对mi RNA、靶基因、蛋白及细胞功能的影响,阐明lnc RNA H19作用于mi RNAs调控TMP进而影响壮族精神分裂症发生的作用机制。方法第一部分:lnc RNA H19与壮族精神分裂症的相关性研究及lnc RNA H19-mi RNAs-TMP调控网络的构建首先,通过实时定量聚合酶链式反应(q RT-PCR)实验在50例壮族精神分裂症患者和46例对照中检测lnc RNA H19的表达量,使用SPSS 20.0软件进行分析,建立lnc RNA H19与壮族精神分裂症的相关性。其次,通过mi Records数据库进行TMP基因COMT、DBH、ADH1B、TH的靶向mi RNAs预测,选择至少同时满足3个以上预测软件的靶向mi RNAs,并且能同时调控两个以上基因的mi RNAs进行下一步分析。最后,通过DIANA-Lnc Base v2分析平台对上述mi RNAs进行lnc RNA H19-mi RNA结合情况预测,选出评分预测模块得分0.5以上或在实验预测模块被预测到的mi RNAs,用Cytoscape软件绘制lnc RNA H19-mi RNAs-TMP调控网络,以此网络中的mi RNAs作为后续研究的候选mi RNAs。第二部分:候选mi RNAs与壮族精神分裂症的人群关联研究及其诊断价值研究采用q RT-PCR检测壮族精神分裂症病例对照样本中候选mi RNAs的表达量,用SPPS 20.0软件进行差异比较、绘制应用受试者工作特征(Receiver Operating Characteristic,ROC)曲线,计算单个mi RNA的曲线下面积(Area Under the Curve,AUC)、灵敏度、特异度及约登指数等指标。随后,调用R程序包构建决策树、支持向量机、随机森林、XGBoost、人工神经网络模型等机器学习方法拟合多个mi RNAs,建立最优模型。采用Z检验进行AUC比较,评估单个mi RNA之间、不同模型之间、不同模型与单个mi RNA之间是否存在差异。第三部分:lnc RNA H19通过影响mi RNAs调控TMP的作用机制研究通过micro RNA.org数据库对lnc RNA H19-mi RNAs-TMP网络中因子间结合位点进行分析,选出最优lnc RNA H19-mi RNA-m RNA轴并进行细胞实验研究。细胞实验选用人神经母细胞瘤细胞系(SH-SY5Y)进行,用q RT-PCR、蛋白印迹法(Western-blot)、细胞增殖/毒性实验(CCK-8)、流式细胞术等实验技术检测干扰lnc RNA H19对mi RNA、靶基因、蛋白及细胞功能等的影响。结果第一部分:lnc RNA H19与壮族精神分裂症的相关性研究及lnc RNA H19-mi RNAs-TMP调控网络的构建(1)在壮族精神分裂50例和健康对照46例中,性别组间均衡,对照组的年龄大于病例组(P0.05)。(3)机器学习方法构建诊断模型结果:采用机器学习不同算法对has-mir-625、has-mir-361-3p、hsa-mi R-505这3个mi RNAs进行拟合,结果为1)XGBoost模型的AUC为0.928,95%CI为[0.807-1.000],灵敏度为0.87、特异度为1.00、约登指数为0.87;2)随机森林模型的AUC为0.928,95%CI为[0.829-1.000],灵敏度为0.93、特异度为0.92、约登指数为0.85;3)决策树模型的AUC为0.921,95%CI为[0.823-1.000],灵敏度为0.87、特异度为0.92、约登指数为0.79;4)支持向量机模型的AUC为0.954,95%CI为[0.877-1.000],灵敏度为0.93、特异度为0.77、约登指数为0.70;5)人工神经网络模型的AUC为0.949,95%CI为[0.868-1.000],灵敏度为0.86、特异度为0.85、约登指数为0.71。对这5个模型进行AUC比较,结果两两之间差异无统计学意义(均为P>0.05)。与单个mi RNA比较,支持向量机模型和人工神经网络模型AUC高于单个mi RNA(均P<0.05)。第三部分:lnc RNA H19通过影响mi RNAs调控TMP的作用机制研究通过生物信息学分析,本研究选择lnc RNA H19-has-mir-505/has-mir-625-DBH轴进行细胞实验研究,其结果如下:(1)lnc RNA H19干扰组has-mir-625的表达量低于空载对照组(P0.05)。(2)在转入lnc RNA H19干扰质粒后48h和72h后,干扰组细胞增殖能力均高于空载对照组(均为P<0.05)。(3)lnc RNA H19干扰组DBH蛋白表达高于空载对照组;而流式细胞实验结果显示,干扰H19后对细胞凋亡没有影响。结论(1)lnc RNA H19与壮族精神分裂症相关,可能是通过影响DBH蛋白的表达调控TMP,进而影响壮族精神分裂症的发生、发展;lnc RNA H19还可以通过影响细胞增殖能力对壮族精神分裂症产生影响。(2)微小RNA has-mir-625、has-mir-361-3p、hsa-mi R-505与壮族精神分裂症相关,有望成为壮族精神分裂症的潜在诊断生物标志物。(3)通过机器学习方法可以拟合多个mi RNAs构建壮族精神分裂症诊断模型,其诊断效能显著提升。(4)lnc RNA H19与has-mir-625存在共表达关系,这与传统的ce RNA机制不相符。其可能的机制是lnc RNA H19作为has-mir-625的前体或宿主影响has-mir-625转录,从而引起DBH蛋白表达的改变,影响TMP传导,参与精神分裂症的发生发展,具体作用机制有待进一步研究。
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