本论文在分析药用植物混合物中微量(活性)成分的过程中，探索并建立起一套以多种质谱分析方法相结合的“互补性”分析思路。首先，重点利用MS／MS方法细致地考察同类化合物的裂解特征，并掌握结构上细微差别导致质谱裂解行为的差异，并以此作为分析推测药用植物混合物中微量成分结构的主要依据。在此基础上，分析药用植物中与单体化合物相同提取部位中同类结构的微量成分。根据其性质，选用不同质谱方法以及色谱与质谱联用技术，如LC-MS、LC-MS／MS及HRMS和直接进样方式的MS／MS方法等，获得了大量有效的结构信息。与常见报道的应用于药用植物的质谱分析方法相比，运用“互补性”质谱分析思路能获得更多的结构信息，且简化和加快了分析过程。以上述质谱分析手段及其分析思路为重点共分析推测了两种植物的三个活性提取物中十八个微量成分的可能结构，并结合LC-NMR等手段对于大部分成分的结构进行了确认，同时亦表明本分析思路是切实可行、高效、快速、准确的。此外，在菲吲哚里西丁生物碱、原小檗碱类化合物的质谱行为研究中，发现了一些特征、新颖的裂解反应，这些裂解反应对于分析同类化合物的结构具有重要意义。 金属离子与核苷酸分子之间的相互作用具有重要的生物学意义，但利用质谱分析检测金属离子与核苷酸分子非共价相互作用的研究报道主要运用负离子模式质谱。本论文利用(+)ESI-MS／MS方法研究了寡脱氧核苷酸分子的质谱行为及其与碱金属离子之间非共价的相互作用。 本论文具体研究内容包括以下几个方面： 1．菲吲哚里西丁类生物碱在MS／MS谱上的质谱裂解特征 采用FAB-MS、FAB-MS／MS、ESI-MS及ESI-MS／MS方法对从药用植物三分丹中提取分离出来的十个菲吲哚里西丁类生物碱的质谱行为进行了详细的研究。考察了化合物结构与质谱行为之间的相关性，研究发现该类化合物的结构骨