农民工权益保护是近几年社会关注热点之一，也是政府关注的焦点。为此各级政府及其部门不断出台新的政策法规来保障农民工的权益。可是问题依然未得到根治。究其原因，固然可以说这是我国经济社会转型过程中的必然现象，要由时间来解决，也可以说对法律政策执行力度不够，但是农民工缺乏组织引导却是农民工群体弱势最根本原因。农民工进入城市首先面对的是一个非完全竞争和非对称信息的劳动力市场，即市场失灵。按照新古典经济学理论，市场失灵的时候需要显现组织的作用，以保障和提高市场运行的效率。而作为组织的两种主体：作为“市场中间者”的政府和市场参与者的自组织都是缺位的。尤其是作为一种集体发言机制的工会组织存在诸多问题。这些问题限制其职能的发挥，进而使其无法满足农民工群体对组织的需要。当前一些农民工意识到自身缺乏组织引导，于是开始了自己组建同乡会、打工者协会、农民工工会等农民工自组织的实践。本文结合治理理论从农民工自组织现象开始研究，探讨自组织的合理性与合法性，并指出农民工自组织合法、合理存在并发挥治理作用的路径。问题的研究一方面可以为我们完善和落实农民工政策、妥善解决农民工权益保护等问题提供一种新的视角和路径；另一方面也让我们思索在以国有企业为主体的官方工会的代表性渐失、影响力日衰的情况下，如何解决新一代工人阶级的代表安排，如何构建这个新兴阶层的利益代表机制和利益表达渠道。这对农民工权益保护、国民待遇的获得等都有一定的现实指导意义。本文在借鉴国内外相关研究成果的基础上，采用问卷调查、访谈和文献分析的研究办法，从参与与发展的层面研究公共治理中的农民工自组织。文章分为5部分论述。第一部分，介绍了研究的背景和研究意义，评析了国内外研究现状，提出了研究的问题，如农民工自组织是什么，自组织能否合理、合法存在?如可存在，怎样更好。第二部分，介绍了治理是农民工自组织存在和发展的理论基础。农民工在市场失灵和正式组织缺位的情况下，开始了自组织的探索，也得到公众的认可。按照治理理论“各种公共的和私人的机构只要其行使的权力得到了公众的认可，就都可能成为在各个不同层面上的权力中心”，故农民工自组织可以参与公共治理，作为治理主体而存在。第三部分，从理论的层面分析了农民工自组织存在和发展的现实依据是其合理性。农民工自组织的存在在于得到农民工的认同，有其存在的合理性。第四部分，探讨了农民工自组织参与公共治理的瓶颈和困局是缺乏合法性。因为合法性的缺失，农民工自组织缺乏合法“身份”，游离于政府社团管理之外，进而难以获得相应的资源，自身也难以很好地发展，不能很好地履行职能。第五部分，指出了和谐：农民工自组织治理发展的路线图。政府与农民工自组织要互信互利，双方要合力将农民工自组织纳入合法、合理的发展路径；政府要改变思路，积极引导和培育农民工自组织；农民工自组织也要充分抓住机遇，顺应政府的思路，积极完善自身，提升治理能力；此外还要构建农民工自组织子系统与其他治理主体系统合作的制度安排。考虑整体制度安排原因在于“不同形式的合作行动必须结合在一起。”不同形式的合作如果没有整体性制度安排，就会没有秩序各行其是，带来混乱和不稳定。本文的特色和创新之处在于：①研究对象比较新。在研究农民工被边缘化、权益得不到保障时，不少学者提出要加强农民工组织化，要发展农民工自己的组织。但是真正以农民工自组织作为论文命题的研究论文很少，专门著作处于空白。本文以农民工自组织作为文章关键词，是其他文章所不具备的。以硕士论文研究农民工自组织也属于空白。②研究的视角比较新，以往对农民工组织化研究多是建立在社会学研究视角，或是经济学研究视角，本文建立在公共行政学的角度在公共治理的视角下研究农民工自组织，且在研究角度上侧重综合分析。这也是一种创新。③研究内容比较有新意，本文研究农民工自组织存在的合理性和合法性问题，这是农民工自组织参与公共治理的前提条件，也是农民工自组织正常化的要件。④在研究方法上除了注重文献资料外还讲求实证，注重实地调研。