当前，高等教育的改革正在全面深入地进行，高等教育的各个方面也都取得了比较明显的成绩；可是资金的匮乏和高校内部管理水平低下仍然严重制约了我国高等教育的进一步发展；而与中东部发达地区相比，西部地区高校所面临的上述问题更加突出。本文则正是基于西部高校所面临的形势较为严峻这一视角，采用理论和实证相结合的方法，对高校的教育成本和财务绩效评价指标体系的建立进行了理论探索，并在此基础上对西部和中东部地区高校财务绩效进行了实证对比；以期能帮助西部高等院校发现问题，进而为最终解决问题指明方向。 在相关理论综述的基础上，文章首先明确了非营利组织的一些基本属性和高校财务绩效的内涵，以便为后面的深入研究奠定基础。随即对反映高校财务绩效的重要内容——教育成本进行了核算探索，并选取了西部地区一所高校进行了实证核算；遗憾的是，由于资料的欠缺，不能将这种核算方法进行更大范围的推广，也就无法把教育成本指标引入到综合评价指标体系中去。接着，以已有的评价指标体系为依托，在创造性的提出了一些新的评价指标基础上，建立了一套比较完善的反映高校某一会计年度财务绩效水平的评价指标体系。然后，运用这一评价指标体系，对教育部直属的部分高校进行了财务绩效的实证评价，并对评价结果分别采用独立样本的T检验和主成分分析法，进行了西部和中东部地区高校横向对比分析；且两种不同方法得出的结论基本一致：西部高校财务绩效水平明显劣于中东部地区。最后，得出了结论并提出了相应的对策建议，主要内容有：在教育成本核算方面，在当前的核算制度下，进行教育成本核算虽然可行，但只是权益之计，从长远来看应该尽快完善教育成本核算制度；在财务综合评价方面，教育主管部门应该多选取便于不同规模、不同类别高校间进行比较的指标，以便公正客观地反映各个高校的财务绩效；在西部高校的发展方面，导致西部和中东部的这种差异既有历史方面的原因，也有西部高校自身管理方面的原因；而要缩小这种差距，必须依靠政府、西部高校自身、企业和公众的共同努力。