“三农”问题一直是我国社会发展中的重要问题,并且随着我国经济体制改革的不断深入,工业化、城镇化的进程的不断推进而日益突出。促进土地承包经营权的流转、充分实现土地的增值效益,无疑是一种有效的解决途径。目前实践中土地承包经营权的流转存在着大量问题。笔者在参阅大量文献后得出土地流转实践过程中出现的主要法问题存在于土地承包经营权入股、土地承包经营权抵押以及土地承包经营权流转后的交易安全保障中。本文即是在现有法律框架下,对土地承包经营权入股公司、抵押过程中遇到的相关问题做一研究,展开深入探讨,并提出完善入股、抵押制度的建议,期望能对解决这些问题有所帮助。全文共分为三个部分：第一部分：介绍了农村土地承包经营权入股、抵押的现状。分别介绍了农村土地承包经营权入股、抵押的立法现状,以及农村土地承包经营权入股、抵押的实践现状。第二部分：阐述了土地承包经营权入股、抵押所面临的主要风险和障碍。首先分析了农村土地承包经营权入股、抵押面临的共同风险和障碍。然后分别分析了农村土地承包经营权入股与抵押的各自的主要风险和障碍。第三部分：提出完善农村土地承包经营权入股、抵押制度的一些建议。指出了完善完善农村土地承包经营权入股、抵押制度应该遵循的基本原则,以及完善农村土地承包经营权入股、抵押制度应遵循的具体措施。最后文章得出结论：应该在立法上完善农村土地承包经营权的权能,允许土地承包经营权入股组建公司与抵押融资。完善农村的社会保障制度,弱化农村土地的社会保障功能是完善土地流转制度的关键。同时要建立完善的流转登记制度、地价评估制度和农业保险制度。文章提出了设立新的《农业公司法》能很好的解决以土地承包经营权入股组建公司所遇到的问题,而改革农村土地金融制度则对解决土地承包经营权的抵押融资问题有很大的帮助。另外,政府的引导、服务、监督角色同样要引起高度重视,因为每一项制度的改革都离不开政府的支持。