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三小叶枫组(Acer sect.Trifoliata Pax),隶属于无患子目(Sapindales),槭树科(Aceraceae),枫属(Acer L.),花杂性,三小叶掌状复叶,分布于我国东北地区、河南、湖北、陕西、四川等地,具有重要的景观及药用价值。本研究基于三花枫(Acer triflorum Komarov)开发出了9对具有多态性的SSR引物,利用微卫星分子标记技术(Simple Sequence Repeats),对三小叶枫组中的三花枫(A.triflorum)、血皮枫(Acer griseum(Franchet)Pax)、毛果枫(Acer nikoense Maximowicz)、陕西枫(Acer shensiense Fang et L.C.Hu)、东北枫(Acer mandshuricum Maximowicz)、甘肃枫(Acer mandshuricum Maxim.subsp.kansuense(Fang et C.Y.Chang)Fang)和四川枫(Acer sutchuenense Franchet)等共计202个个体进行多态性扩增,从分子水平上阐述各物种间的系统发育关系。基于9对SSR引物,本研究在202个个体中共扩增、获得101个等位基因,平均每对引物扩增出11.2个等位基因;基于上述等位基因,物种的平均观测杂合度(Ho)的范围为0.005~0.946,期望杂合度(He)的范围为0.344~0.873;三花枫、血皮枫和东北枫中的大部分微卫星位点出现了严重偏离Hardy~weiberg平衡的现象(p<0.001),表明三小叶枫组内各物种不遵循随机交配的模式,位点受到了遗传突变、自然选择等因素的影响;在三小叶枫组中,只有东北枫群体的He小于Ho,说明其居群间杂交程度较高,有较高的遗传多样性,且具有相对较长的进化历史和更高的环境适应能力。群体遗传结构方面的分析显示,各物种间的平均遗传分化系数Fst值为0.227,表明各物种间的遗传变异表现为中度分化水平。群体间的总基因流Nm值为0.288,表明三小叶枫组的各个居群之间的基因交流受到了一定程度的限制。STRUCTURE分析表明,最佳K值为3;东北枫和甘肃枫聚在同一组内,三花枫独自聚在一个组,血皮枫、毛果枫、四川枫和陕西枫则聚在另一组中。通过Population构建的系统发生树和PCA分析表明,三花枫、四川枫、血皮枫、毛果枫、陕西枫的亲缘关系较近;其中,血皮枫和陕西枫的亲缘关系更近,而东北枫和它的亚种甘肃枫的亲缘关系近。本研究有助于更加深入地揭示、了解三小叶枫组的系统发育关系,为枫属的物种形成、谱系发育等相关研究奠定基础,从而更高效的发挥三小叶枫组植物的经济价值和生态价值。