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小麦禾谷孢囊线虫病(Cereal Cyst Nematode, CCN)目前在我国黄淮麦区普遍发生,部分地区造成严重的产量损失。禾谷孢囊线虫组(Heterodera avenae group)共包含12个有效种,自1989年在湖北发现该病害以来,现在已确认在中国共分布Heterodera avenae和H. filipjevi两个种。为了明确黄淮麦区禾谷孢囊线虫不同种类的区域分布及遗传多样性,本文以ITS和ISSR等常用的分子方法进行比对探讨,确定适用于禾谷孢囊线虫遗传多样性分析的分子方法,并对黄淮麦区21个禾谷孢囊线虫群体的种类及遗传多样性进行分析。主要研究结果如下:通过对核糖体DNA的ITS、28S D2/D3、IGS三个片段的序列分析发现,3个区域都能够明显区分H. avenae和H. filipjevi,其中28S的D2/D3区最为保守,H. avenae和H. filipjevi之间只有少数碱基的差异。IGS序列的相似性最低,在H. avenae和H. filipjevi之间的相似性仅为60%左右,而H. avenae不同群体的相似性为80～95%。通过综合分析,ITS区和28S D2/D3区都可以用于H. avenae和H. filipjevi的鉴定,而且禾谷孢囊线虫现有ITS区数据库信息比较丰富,实验得到的结果很容易与数据库比较,而IGS区则适用于种下群体间的分子特征研究。采用ITS-RFLP和ITS系统进化分析对黄淮麦区21个禾谷孢囊线虫群体的分子特征进行分析,发现河南安阳群体、濮阳清丰群体、开封杞县群体、洛阳宜阳群体、许昌禹州群体和新乡延津群体,河北保定群体和邯郸群体,安徽阜阳颍上群体,山东菏泽何楼群体,湖北襄樊牛首群体,山西临汾襄汾群体,陕西西安阎良群体为H. avenae“C”型;河南郑州荥阳群体和郑州须水镇群体为H. avenae“australis”型;河南许昌县群体、周口商水群体和周口淮阳群体为H. filipjevi普通类型,而河南焦作博爱群体为H. filipjevi新ITS类型。并且发现洛阳洛龙区群体和商丘睢阳区群体为H. avenae和H. filipjevi混合群体。用vector NTI软件将实验所得序列和NCBI下载的H. avenae和H. filipjevi ITS序列进行酶切图谱分析,共发现10种ITS图谱类型。H. avenae澳大利亚群体、郑州荥阳群体、郑州须水群体和H. filipjevi焦作博爱群体的ITS序列均包含两种图谱类型,而且两种理论图谱与实际电泳图谱均不相同,只有两种序列同时存在于一个孢囊时才可能与电泳图谱相同。虽然澳大利亚孢囊线虫与郑州群体的分子特征与其他孢囊线虫有很大差异,但是它们应该为同一个种(H. avenae),澳大利亚孢囊线虫与郑州荥阳群体为H. avenae的突变类型。利用MP方法聚类分析禾谷孢囊线虫与其近缘种的系统发育关系,系统发育树能够清楚的将H. avenae和H. filipjevi区分开,并且中国H. filipjevi的多样性低于中国的H. avenae,中国的H. filipjevi与意大利和美国的H. filipjevi的亲缘关系较近。并显示中国的H. avenae与澳大利亚的H. avenae的亲缘关系较近,区别于已报道的H. avenae“A”型和H. avenae“B”型。通过对随机标记方法ISSR和RAPD的比较分析,发现ISSR能显示比RAPD更丰富的多态性,而且比RAPD更稳定,所以本实验采用ISSR标记方法分析黄淮麦区禾谷孢囊线虫的遗传多样性。将ISSR结果和RAPD结果进行Mentel测验,结果显示两种结果具有显著的相关性。通过ISSR对禾谷孢囊线虫进行遗传多样性分析,发现H. avenae居群间的平均多态条带的百分比(PPB)为92.77%,而H. filipjevi居群间平均多态条带的百分比(PPB)仅为61%,H. avenae种群的遗传变异大于H. filipjevi种群。并且通过遗传多样性分析发现许昌禹州群体为H. avenae和H. filipjevi混合群体,而且发现H. avenae郑州荥阳居群与其他H. avenae群体的亲缘关系较远,这与ITS分析结果一致,H. avenae西安居群与其他H. avenae居群的遗传距离也较远,与距离表现出一定的相关性,但是通过所有群体间的遗传距离综合来看与地理距离的相关性不显著。在同一块试验田不同品种上的样本与品种及品种的抗性没有明显的相关性。