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基于体视显微镜(Stereo Light Microscope，SLM)的显微立体视觉系统在微观研究领域得到广泛应用，通过视觉反馈可实现高精度的三维测量和定位。半遮挡(Half-Occlusion)是影响立体匹配和三维重构的一个重要因素。为了分析微结构在显微立体视觉中的半遮挡情况，首先研究了视觉系统的标定方法，获得了内外参数，然后建立了分析模型，对微沟道在显微立体视觉中的半遮挡情况进行了初步分析与实验验证。本文借鉴张正友的线性视觉模型标定理论，考虑显微立体视觉的特性，建立了一种两步