水生生物多样性保护对于流域水生态系统健康维系具有重要的意义。本研究以内蒙古自治区内黄河、辽河、松花江、海河、内流河流域5个重点流域为研究区,以水生生物多样性为研究对象,通过志书查阅、资料收集和野外实地调查,基于流域内各主要水系γ生物多样性指数,初步评价了各个流域水生生物多样性现状,明确了各流域内主要河流、湖泊生物多样性的构成和特点,厘定了内蒙古重点流域生物多样性保护存在的问题和保护重点,进而提出了各重点流域水生生物多样性保护与恢复的建议。本研究取得如下结果:(1)黄河流域共检出水生生物697种,其中,鱼类58种,水生植物67种,底栖动物129种,两爬动物23种,鸟类共有179种,沉水植物10种,浮游生物231种,保护物种116种,占总水生生物物种数16.64%;辽河流域共检出水生生物485种,其中,鱼类40种,水生植物76种,底栖生物24种,两爬类动物28种,浮游生物153种,鸟类167种,保护物种102种,占总物种数的20.0%;松花江流域共检出水生生物917种,其中,鱼类70种,水生植物93种,底栖生物158种,两爬类动物35种,浮游生物233种,鸟类328种,珍稀保护动物148种,占水生生物的12.1%;海河流域共检出水生生物479种,其中,鱼类73种,水生植物76种,底栖动物73种,两爬动物12种,浮游生物153种,鸟类92种,保护物种58种;内流河流域共检出水生生物232种,其中,鱼类17种,水生植物55种,底栖生物26种,两爬类动物23种,浮游生物95种,鸟类16种,保护动物36种,占总体15.51%。(2)计算了各流域内主要河流和湖泊的γ多样性指数,黄河流域中,乌梁素海、岱海两个湖泊水体生物多样性指数最高,黄河干流为多样性指数最高的河流;辽河流域中,西辽河流域生物多样性指数最高;松花江流域中,克鲁伦河多样性指数最高;海河流域中,滦河的生物多样性指数较高;内流河流域中,锡林河生物多样性指数最高。(3)结合流域水质监测,分析了各重点流域内蒙古段水生生物多样性面临的主要问题,提出了加强重点流域水环境综合整治、提高“一湖两海”水生态环境保护和综合治理力度、重点保护流域内特色物种、完善水水生物多样性保护法规以及建立松花江流域水生生物多样性保护示范基地等措施建议研究成果可为内蒙古重点流域水生生物多样性保护工作提供一定的理论依据,对流域生态治理和环境保护有一定的参考价值。