建国以来,尤其是近几十年,我国科技事业取得了快速发展,创新能力显著增强。然而,随着科技的发展,一些隐性层次的问题逐渐暴露出来。科技成果供给与经济发展需求出现结构性错位发展。科技成果用于促进经济发展和社会进步方面明显低于发达国家水平,科技成果转化率低且动力不足已成为不争事实。上个世纪八九十年代,世界各国通过构建国家创新体系,出台创新政策来系统化配置创新要素,提升创新体系的整体功效。事实上,据OECD的监测,绝大多数国家并未实现既定目标,出现了创新主体争夺资源、创新政策问的断链甚至对立、资源配置效率低等问题,产生了“系统失灵”。我国也通过构建国家创新体系激发创新潜能,提升创新体系的整体效能,结果面临相似的状况,创新体系更多停留在各创新主体的功能叠加上,未形成系统功效。在深入分析创新体系的“失灵态”诱因时,发现创新体系多元主体未能有效参与创新体系的治理,政府一元管理模式和现有科技体制在一定程度上阻碍了创新体系的发展。通过拓展公共管理理论在创新体系中的运用,用治理的理念、理论和方法对创新体系进行管理,正成为发达国家理论研究上的热点,从科技创新管理向创新体系治理转型成为发展主流。论文按照提出问题、分析问题、解决问题的研究框架和思路。即创新体系的治理是什么,为何要进行创新体系的治理,国家和区域的创新体系如何治理,依靠什么治理,区域创新体系的治理现状和治理能力如何,治理效果如何,治理的走向在哪?具体来说,首先梳理了创新体系的概念和内涵,综述了文献关于国家和区域创新体系的建设和发展,创新体系治理的研究等。随后,在第三章论述了从科技管理到创新治理的发展演化,回答了创新治理的必要性,阐述了从科技管理向创新治理转变的发展必然性,即创新体系为什么要治理。比较分析了科技管理与创新治理的理念、结构、工具、模式和机制,研究了创新治理主体的驱动机制,从动力层面提出了创新治理的路径选择。第四章研究了我国创新体系的治理与创新治理体系建设。着重解答的是国家创新体系如何治理,提出了一个创新体系治理的理论分析框架。通过结合创新治理理论和国外的创新治理实践经验,框架性地提出了我国创新治理体系的建设与发展建议。第五章研究了创新体系治理的重要工具即创新政策(创新决策),构建了多元创新主体的决策参与矩阵分析框架。解答了创新体系依靠什么治理如何实现治理参与,即在治理语境下创新体系的治理规则或主体的决策参与。第六章论述了区域创新治理体系建设与治理能力现代化,研究了区域创新体系如何治理及治理走向。总结分析了我国区域创新治理体系建设的发展和不足,分析了区域创新治理体系现代化的影响因素,研究了区域创新治理体系建设和现代化的路径。第七章对区域创新治理能力结构特征与发展演化进行了组合评价研究,系统研究了区域创新治理的能力和水平。结论表明：我国区域创新体系治理能力总体偏弱,且发展不平衡,两级分化较为严重；创新体系治理能力与区域的科技、经济发展水平具有较强的正向关联性；创新治理是一个复杂的动态系统,推动系统演化需要有内外因共同作用；创新体系治理能力的“四力”结构与治理能力出现非同步演化特征,“四力”的强弱发展不均衡。第八章以两种视角下的实证研究了区域创新体系治理的效果。本章以创新体系的创新能力与经济发展的视角和公共科技服务绩效水平的视角,从两个方面实证研究了区域创新体系的治理效果。最后,对全文进行了总结和回顾,提出了研究的发展展望。