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[目的]利用MLVA和DFR基因分型技术对云南省分离的鼠疫菌株进行基因分型，探究云南各型鼠疫菌菌株之间的内在联系、遗传特征、流行特征及疫源地之间的联系，为云南省鼠疫的防控工作提供依据。[材料与方法]MLVA分型：1.菌株选择选择分离自不同地点、不同年代、不同来源的云南鼠疫菌株158株，其中家鼠鼠疫菌株135株、野鼠鼠疫菌株16株、丽江玉龙菌株7株，另外还有1株EV菌。2. VNTR位点选择VNTR位点是根据已公布的13株鼠疫菌全基因比对，筛选了14个VNTR位点，其中12个位点是全新的位点，另两个是已公布使用过的位点。3. DNA的提取利用QIAGEN细菌DNA提取试剂盒进行提取制备。4. PCR扩增和毛细管电泳采用25l的多重PCR反应体系进行扩增，将产物进行毛细管电泳分析，通过PCR产物大小计算出重复数，最后结果以Excel形式保存。5.结果分析通过BioNumerics软件进行数据处理，得到各位点的分辨指数，绘制聚类图和最小生成树。DFR分型：1.菌株选择选择分离自不同地点、不同年代、不同来源的云南鼠疫菌株171株，其中家鼠鼠疫菌株148株、野鼠鼠疫菌株16株、丽江玉龙菌株7株。2.DFR位点的选择按照相关文献报道的鼠疫菌基因组23个DFR差异片段。3.DNA的提取利用QIAGEN细菌DNA提取试剂盒进行提取制备。4.PCR扩增和普通琼脂糖凝胶电泳采用25l的多重PCR反应体系进行扩增，将产物进行普通琼脂糖凝胶电泳，用凝胶成像仪观察分析，结果记录为“+”“－”，以Excel形式保存。5.结果分析通过BioNumerics软件进行聚类分析，绘制聚类图。[结果]MLVA结果：1.上述14个位点的分辨力差别较大，其中有8个位点的分辨指数为0，其他5个位点（M52、M59、MLV7、MLV8、MLV4）对云南省鼠疫菌株有一定的分辨力。2.聚类分析显示，159株鼠疫菌（包括EV菌）分为Ⅰ、Ⅱ两大群，A、B、C三个簇，五个基因型即1-5型。3. Ⅰ群野鼠鼠疫群包括大理剑川野鼠菌株和丽江玉龙鼠疫菌株，分为A簇、B簇。A簇被分为两个基因型，与云南省生态型-滇西纵谷型吻合较好，7株丽江玉龙菌株为B簇，为一个独立的生态型，与A簇的剑川鼠疫菌株5个位点中有2个位点差异。Ⅱ群中家鼠鼠疫（为包括EV菌）为C簇分为两个基因型，与云南省生态型-滇闽居民型吻合较好。DFR结果：1.171株云南鼠疫菌被分为7个型，其中Genomovar5型7株、Genomovar7型13株、Genomovar9型147株。新发现Genomovar-yn1、Genomovar-yn2、Genomovar-yn3、 Genomovar-yn4各1株。2.7株玉龙型菌株都为Genomovar5基因型。16株滇西纵谷型鼠疫菌株被分为3个基因型，其中13株为Genomovar7基因型，2株为Genomovar9基因型，1株为新的基因型Genomovar-yn1基因型。148株滇闽居民型鼠疫菌株被分为4个基因型，145株为主基因型Genomovar9，3株为3个新的基因型（Genomovar-yn2、-yn3、-yn4），每型各1株菌株。3.聚类分析显示，玉龙型鼠疫菌株与滇西纵谷型（即云南野鼠型）菌株的基因型较为相似（87.2%），与滇闽居民型（即家鼠型）相似度较小（73.75%）。[结论]1.通过本研究，我们可以选择5个VNTR位点和23个DFR对云南省鼠疫菌进行基因分型，构建了云南省鼠疫菌的快速鉴定溯源。2.玉龙鼠疫菌株的MLVA型、DFR型均与云南家鼠、野鼠两型鼠疫菌有较大的差异，但比较而言：其与家鼠型（滇闽居民型）菌株的基因型相似度较小，与野鼠型（滇西纵谷型）菌株的基因型相似度较高，结合其生化特征，进一步提示玉龙鼠疫疫源地是一块新型的疫源地。3.聚类结果显示，两种基因分型结果与云南省鼠疫菌生态型吻合较好。4.此次研究结果所构建的MLVA和DFR数据库丰富了鼠疫数据库资源，为今后新分离菌株的溯源提供研究基础，为鼠疫的防控提供有力的依据。