在传统农业社会,农村基层社会的稳定关乎着国家政权的兴衰成败。由于农村基层社会的发展稳定与社会管理能力相互依赖,不可分割,管控好农村这个国家社会的基础,就务必把农村基层治理提升至政治高度。农村基层治理是基层社会治理体系格局中的核心议题之一,中央政府为减轻农民负担,缓解乡村社会干群关系,在新世纪初实施税费改革以及免除农业税等一系列惠农政策。税费改革及其综合配套改革一方面促使乡村社会呈现欣欣向荣的繁荣景象之时,另一方面也使得农村基层面临潜在危机。税费改革实现了由“国家—农村基层组织—村民”的间接治理模式向“国家—村民”的直接治理模式转型,农村基层组织作为国家与农民进行接触的触角被取消,农村基层社会面临以“治理缺位”为核心的新一轮治理困境。新一轮治理困境主要表现为治理逻辑“不得罪化”、治理主体“老好人化”、治理责任虚拟化以及治理内容形式化等四个方面。新一轮治理困境背后折射出的恰恰是农村基层组织治理能力弱化,对于实现国家治理体系与治理能力现代化具有一定的阻力。由国家宏观政策、政治制度以及大政方针所构成的制度环境塑造了农村基层组织的运作空间,农村基层组织所具有的自主性及其扩张自主性的策略选择都会在某种程度上受制于宏观制度的约束。后税费时代农村基层组织所处的诡谲多变的政治生态环境使得农村基层组织所掌控的权威性资源、物质性资源以及权力性资源将发生巨大变化,土地制度的变更与一事一议制度的失效抑制了村组织的调整分配能力与资源汲取能力;村集体土地资源“空壳化”与财政资源的锐减削弱了村组织运作空间与公共服务供给能力;强制性权力退却与基础性权力不足弱化村组织支配协调能力等。农村基层组织由于受到权威性资源、物质性资源以及权力性资源缺失的制约,其治理能力呈现异化状态,进而导致农村基层组织悬浮,工作内容呈现悬浮化状态;干群关系疏远,农村基层组织合法性丧失;农村基层矛盾集聚并伴随有上移趋势;农村社会失序,村庄灰黑化趋势凸显等系列问题,在一定程度上加剧了农村基层治理困境,势必引发基层社会秩序的动荡与村庄内部社会公平正义的丧失。为有效缓解当前农村基层治理困境,国家应当建立稳定的经费保障制度,强化农村基层组织物质性资源,完善乡村基层村级组织框架,加强村级组织能力建设,健全完善“一事一议”制度,统筹惠农资金实现公共服务供给,以此实现乡村社会的和谐稳定。