我国公司治理结构中存在“内部人员控制”、“一股独大”等问题,监事会作为公司内部的监督机构在此背景下形同虚设,为解决监督问题在现有监事会的基础上引进了独立董事制度,虽然独立董事制度不同于监事制度,但其仍在上述背景之下,故同样会产生许多问题。本文在梳理和总结了国内外众多相关文献的基础上,以投资者保护为视角,在分析独立董事与中小投资者的基本理论的基础上,结合我国上市公司实践中存在的问题,从我国相关法律、法规、文件的相关规定,对独立董事制度在理论上以及实践中进行各国比较分析,通过分析后结合我国独立董事制度的发展及中小投资者的保护现状,探究该制度在上市公司治理过程中出现的独立董事的独立性差、权利机制及制约机制不完善、选任机制不合理、中小股东诉权难以保障等问题,并进行细致研究分析。再从独立董事的专业、意愿及规模三个维度下对独立董事作用效果进行实证研究,依据回归模型验证了独立董事制度作为公司内部治理机制之一,其专业背景、薪酬总额、规模情况对独立董事制度的有效执行至关重要,是有效促进独立董事履行企业委托代理职责的重要保障,是上市公司中小投资者法律保护的重要工具。最后在上述实证分析的结果的基础上,有针对性的对独立董事制度之完善,提出建议,使独立董事制度能够适应我国的公司治理模式,切实行使监督权保护投资者的合法权益。