肠道微生物结构组成与多样性和免疫系统疾病发生密切相关,探索肠道微生物影响因素具有重要研究意义。卫生假说指出低清洁度环境对免疫系统疾病有显著保护作用。本课题组前期研究发现,清洁度较低环境中生活的小鼠肠道微生态丰富度与多样性较高,并发现环境中仅仅增加微生物,对小鼠肠道微生物的多样性影响较小,而环境中增加土壤对小鼠肠道微生物结构组成与多样性有显著影响。土壤中含有丰富的微生物,其种类约为肠道微生物类型的10倍,被誉为“微生物种质银行”,环境中的土壤是以什么途径影响肠道微生物的结构组成,是该项研究拟解决的关键科学问题。我们提出环境中的土壤通过食入体内方式为主来影响肠道微生物这一假设,并以小鼠为研究模型进行探究。将来源一致的38只小鼠分为四组,分别为:高清洁环境对照组（SPF）组,饲喂有菌土壤组（Farm）,饲喂高压灭菌土壤组（SS）,饮用环境微生物组（MW）。同时,我们还采用2-4-二硝基氟苯（DNFB）处理来验证土壤通过改变小鼠肠道微生物结构对小鼠免疫力的影响。实验内容:将38只7周龄SPF级别C57小鼠随机分为四组,小鼠年龄、窝别、性别、分娩方式和前期饲养条件等都控制一致。其中SPF、SS、MW组饲养在同一间SPF动物房,Farm组饲养在另一间SPF动物房中。SPF组为对照组,SS组饲料中添加灭菌土壤,MW组饮用从土壤中分离出的微生物,Farm组饲喂一定比例未灭菌土壤,其它条件都控为一致。处理42天后收集小鼠粪便,并进行16S r RNA基因测序和宏基因组测序进行肠道微生物分析。第43天,我们开始采用DNFB对小鼠皮肤过敏处理,通过血清总Ig E检测和皮损程度分析,来评测每组小鼠肠道微生物过敏保护功能。实验结果:（1）食用有菌土壤组（Farm）小鼠与食用无菌土壤组（SS）小鼠肠道微生物的多样性和丰富度显著高于饮用环境微生物（MW）和对照组小鼠（SPF）,Farm组多样性和SS组没有显著差别,MW组多样性和SPF组也没有显著差别;（2）SS小鼠与Farm小鼠肠道微生物β多样性更为相似,而MW小鼠和SPF小鼠β多样性相似度更高。（3）宏基因组测序结果显示,SS小鼠含有更丰富的III型分泌系统编码基因,Farm小鼠除含有丰富的III型分泌系统编码基因外,还富含短链脂肪酸和氨基酸合成酶。（4）DNFB处理结果显示,SS与Farm小鼠免疫力显著高于另外两组,MW组和SPF组差异不显著。结论:食入土壤是影响小鼠肠道微生物结构组成与多样性的一种重要方式。该研究也进一步验证,饮用大量环境中的微生物对肠道微生态结构组成有明显的影响,但对肠道微生物多样性影响较小。