随着新一轮的全球产业转移悄然开始。各个国家纷纷将目光转向自主创新，提升国家科学技术实力，以期在新一轮产业转移中占得有利形势，提升国家产业在全球价值链的地位。随着各个国家不断加大对自主创新的投入，加强自主创新能力培养。在自主创新不断深入开展的过程中，创新效率问题被广泛关注，如何有效提高创新效率成为各界关注的话题，由此作为直接影响创新效率的创新投入配置问题也随之成为研究的焦点。本文从创新投入的概念入手，结合国内外的对创新投入概念的研究，对创新投入进行了界定，并将创新投入划分为人力、财力、物力、知识、信息以及政策六个方面。然后分别分析六个方面创新投入配置的现状，揭示存在的问题。再从创新投入配置的角度出发，研究原始创新与引进消化吸收再创新两种创新投入配置对创新效率的影响机制，并比较两种影响机制的差异。在实证研究部分，选取高技术产业创新过程的两种创新方式（原始型创新和消化吸收再创新）为分析对象，采用随机前沿分析法（SFA）作为实证研究手段，依据我国高技术产业1995-2008年的区域面板数据，测度创新投入在原始创新和引进消化吸收再创新两种创新方式下的创新效率值，分析如何进行有效配置以提升我国高技术产业的创新效率问题。最后根据研究结果提出我国高技术产业优化创新投入配置提升创新效率的对策建议。