近年来,伴随我国市场经济的快速发展和社会事业改革的不断深化,政府职能呈现出不断扩大的趋势。而由于环境的变化,税收任务正日见艰巨,执法责任越来越大。怎样适应改革创新趋势,提升税收质量,规避税收执法环节风险,运用科学的管理方式来提升税务人员的征管效率和服务水平,避免渎职及职务犯罪,合理合法保护好税务工作者,已成为税务部门乃至全社会都非常关注的问题。因此,加强和完善税务部门内部控制制度、规范税收执法流程对税务机关提高税收管理水平,更好地服务纳税人具有重要意义。本文以天水市秦州区税务局为研究对象,运用风险管理理论和政府部门流程再造理论,结合秦州区税务局内部控制现状,从内部控制五要素入手,对纳税服务、税收管理、优惠政策审批、大企业风险管理等方面进行分析。通过调查问卷和访谈法,获取秦州区税务局执法层面内部控制的第一手资料,研究其内控制度存在的突出问题,并分析引发内控风险的原因机理,从而提出有效的优化路径与建议。研究结果可为完善秦州区税务局内部控制制度提供理论依据,还可为同类型的税务部门基层单位提供借鉴与参考。