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内生真菌能产生具有多种生物活性的次级代谢产物。本论文选定不同来源的四株真菌，分别进行发酵，对发酵物采用多种现代色谱手段进行分离纯化，根据波谱技术进行结构鉴定，共分离鉴定了45个化合物。 1、从金山五味子须根部位内生真菌Chaetomium sp.液体发酵物中分离鉴定了8个化合物，包括4个木脂素、2个甾体、1个三萜和1个脂肪族化合物；随后从该菌的固体发酵物中分离鉴定了11个化合物，包括3个木脂素、2个聚酮类化合物、2个脂肪族化合物、1个倍半萜、1个甾体、1个酚类化合物和一个其他类型化合物，其中有一个新骨架化合物。 2、从毛壳霉属真菌Chaetomium brasillense Batista&Pontual的固体发酵物中分离鉴定了9个化合物，包括6个酚类化合物和3个甾体。 3、从腔节藻属海藻Coelarthrum boergesenii内生真菌 Aspergillus fumigatus的液体发酵物中分离鉴定了16个化合物，包括8个生物碱、4个脂肪族化合物、2个蒽醌、1个三萜、和1个酚酸类化合物；从该海藻另一株内生菌JCMA3F29的液体发酵物中分离鉴定了3个化合物，包括1个甾体、1个脂肪族化合物和1个酚酸类化合物。 4、综述了2009-2015年间药用植物内生真菌次级代谢产物研究进展。