QTL定位方法和有关因素对定位效果的影响

来源 :山西农业大学 | 被引量 : 15次 | 上传用户:aaronqi666
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数量性状基因座(QTLs)的检测和准确定位是了解数量性状的遗传机理、制定切实可行的育种方案的前提。影响QTL 定位效果的因素很多,包括群体类型、规模、涉及的QTL 数目、遗传标记的密度、性状遗传力等等,特别是分析中使用的遗传和统计模型对QTL 检测和定位有较大的影响。在定位前,根据实际情况选择合适的定位方法有重要的意义。本研究拟通过计算机模拟数量性状的单向回交B1群体,以考察不同因素对QTL 检验功效和定位精确性的影响。所考虑的因素包括群体大小(200,500,1000)、遗传力(0.2,0.4,0.5,0.8)、标记密度(2cM,5cM,7cM,10cM)、所涉及的QTL 数目(1,4,6,9)。对相同的模拟结果分别使用区间定位法(IM)、复合区间定位法(CIM)以及多区间定位法(MIM)进行QTL 的检测和参数估计,并比较不同方法的效果。结果表明,群体大小对IM 法和CIM 法有较大的影响,但对MIM 法的影响不是太大;随着群体规模的增大,IM 法和CIM 法对QTL 位置、效应的估计准确度以及QTL 检出率方面都有所提高。遗传力大小对CIM 法和MIM法有较大的影响,对IM 法影响相对较小,尤其是在效应值的估计上。标记密度对QTL 效应的估计以及LR 值的影响不明显,对QTL 位置的估计有较大的影响;随着标记间距的减小,三种方法对位置的估计准确性均有所提高,并且结果趋向于一致。当只有一个QTL 时,利用侧翼标记信息进行区间定位即可获得较理想的结果;对于多个QTLs 连锁的情况,IM 法的定位效果最差,MIM 法在QTL 数目较多的时候有较大的优势,CIM 法在QTL 数目适中的情况下定位效果较好。在有上位效应存在的情况下,MIM 对QTL 的加性效应的估计较准确。
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本研究利用PCR-SSCP技术对绵羊H-FABP基因第2、3、4外显子进行SNP检测,分析基因的遗传特性并寻找与肉质性状相关的SNPs位点,利用实时荧光定量PCR法检测了绵羊H-FABP基因在不