在经济全球化的今天,世界各国之间的竞争越来越激烈。在这高竞争压力的环境下,持续产生创新能力被认为是一个国家发展的重要途径,是国家获得竞争优势的关键。而区域经济是国家经济的一个关键构成,对国家的发展起着相当大的作用。同时区域经济的发展与区域创新能力密切相关,因此调整区域的创新能力是形成高水平国家创新能力的关键。由此深入分析区域创新有关的影响要素和结构,对其绩效进行相关的探讨,并提出相应的政策,有利于指导各区域形成高水平的创新能力,使得该区域发展得更快,进而使其竞争优势有所提升。数据包络分析(DEA)在评价创新绩效方面具有一定的优势,然而传统DEA模型假设特定时期的产出是通过消耗同一时期的投入产生的,这个潜在的假设不适用于某些绩效评价,即一个特定时期的产出不仅需要消耗该时期的投入,而且需要消耗之前多个时期的投入。创新过程就不可避免地遇到这一问题,第一阶段为研发过程,该时期会得出一些专利或论文,并有一定的时间滞后,而第二阶段为经济转化过程,时间的滞后问题不会发生。因此为了更加客观的评价创新效率,文章构建了考虑中间变量产出时滞性的两阶段DEA模型,同时将其与Malmquist指数相结合,寻求时间序列上的动态变化,从而找到效率变化的原因。以共同前沿面为理论框架,将文章拟定的方法应用到中国30个省份创新效率的评价中,并将创新效率的变化分解为技术、效率以及技术差距的变化三个指数。另外,为了研究随着时间的变化,我国各省份和各地区之间的区域创新效率是否会缩小他们的差距,最终达到相对稳定的状态,我们构建了收敛性分析的非参数方法,对创新绩效进行了收敛性检验。结果表明:(1)通过计算各省份的创新效率值,本文提出的考虑中间变量产出时滞性的模型排名更客观;(2)通过分析共同和群组前沿面的效率可以看出,在技术水平层面上东部地区要高于中部和西部地区。中部地区随着时间的推移,技术水平与全国最优技术水平以缓慢的速度逐渐缩小;(3)通过Malmquist生产率指数分析得出,创新绩效不仅与研发阶段和经济转化阶段的效率密切相关,而且还与管理水平与所拥有的技术水平有关;另外,创新还受外部因素的影响,比如金融危机。(4)通过收敛性分析得出,随着时间推移大部分区域以(?)收敛状朝着最优前沿面的方向趋近,但绝大多数地区最优和最劣前沿面之间差距没有呈现明显的(?)收敛。