微阵列芯片具有高通量、微量化和自动化等特点，已经在很多领域得到广泛应用。但是微阵列芯片仍然具有不足之处，如所需设备昂贵、分析时间较长、灵敏度不高、多样品平行分析能力不足等。微流控芯片微米级的通道具有相对较大的比表面积和较短的扩散距离，能够显著加快分析速度、提高检测效率、增强分析性能，并且能够加工大量的平行通道用于多样品分析。目前已经有大量文献报道将微流控芯片和微阵列芯片相结合，发展了独特的杂交方式并在实验和理论上分别证明了两者相结合的优势，本学位论文首先在引言中综述了将微流控芯片技术应用于微阵列分析的研究进展，着重介绍了在微流控芯片上进行微阵列分析时的杂交方式、促进杂交的措施以及杂交过程的数学建模，同时也介绍了其他分析步骤方面的进展，分析了目前微流控芯片技术在进行微阵列杂交应用方面的不足及其原因，并指出这两项技术相结合的优势和未来。本学位论文将微流控芯片技术与微阵列芯片技术结合起来，通过在毛细管中的微通道内加工高密度的探针阵列，利用再杂交技术依次实现多个核酸样品的快速测定，建立高通量分析方法。并分别以在毛细管微通道中形成高密度探针、样品引入进行杂交反应以及核酸变性后多样品检测三个过程为研究对象，分析并研究了多个因素对高通量多样品检测的影响，以高密度探针、核酸快速杂交、低探针损伤和高重现再杂交为目标，为高通量核酸分析提供了实验依据。为了拓展基于毛细管微通道的探针阵列的应用范围，本学位论文结合核酸适配体，在毛细管微通道中固定上DNA四面体结构探针阵列，进行了多种样品的检测和分析。