建鲤BMP15、BMP2B基因克隆及其表达分析

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建鲤,作为我国最主要的鲤鱼养殖品种之一,因其肉质肉味好,饲料转化率高,性温顺,易驯养、易起捕,适应性和抗病力强,能自繁自育,遗传性状稳定等优点,备受消费者、养殖户的青睐。但为具有肌间刺对其深加工造成了影响,从而影响了其经济价值。BMP基因与骨质形成发生有关,在修复骨质缺损和促进骨折愈合等发挥重要作用,但对鱼类肌间刺的形成、发生机制、分布等是否有作用还不清楚。因此,本文以建鲤为研究对象,利用RT-PCR和实时荧光定量PCR等技术,探讨BMP家族中的BMP15和BMP2B基因在建鲤脑、心脏、脾脏、肝脏、卵巢、鳃、肠和肌肉8个组织的mRNA水平的表达,寻求BMP15、 BMP2B基因与鱼类肌间刺的关系。主要研究结果如下:1克隆了BMP15基因的全长cDNA序列,BMP2B基因的部分片段序列,分别为1727bp和948bp,预测氨基酸序列,分别编码359和266个氨基酸。氨基酸序列与Genebank中其它物种的该基因的氨基酸同源性均较高。2对获得的BMP15基因编码的氨基酸序列分析发现:这段氨基酸序列含有TGF-p结构域;该蛋白疏水性最大值为2.711;蛋白质跨膜结构分析显示,含有一个跨膜结构域;蛋白信号肽预测,存在一个信号肽切割位点;对二级结构进行预测,结果二级结构组成中,无规则卷曲(coil)占比例最大,达65.74%,α-螺旋(Alpha-Helix)为21.70%,p-折叠(Beta-Strand)最少为13.09%;BMP15蛋白质最大可能位于线粒体;有14个Ser,6个Thr,3个Tyr,可能成为蛋白激酶磷酸化的位点;对糖基化位点进行分析,结果存在一个N-糖基化位点,而无O-糖基化位点。对获得的BMP2B基因编码的氨基酸序列分析发现:这段氨基酸序列含有两个低组成复杂性结构域和一个TGF-β结构域;该蛋白疏水性最大值为1.689;蛋白质跨膜结构分析显示,不存在跨膜结构域;蛋白信号肽预测,存在一个信号肽切割位点;对二级结构进行预测,结果二级结构组成中,无规则卷曲(coil)占比例最大,达60.90%,p-折叠(Beta-Strand)为30.45%,α-螺旋(Alpha-Helix)最少为8.65%;BMP2B蛋白质最大可能位于细胞质;有7个Ser,0个Thr,3个Tyr,可能成为蛋白激酶磷酸化的位点;对糖基化位点进行分析,结果存在一个N-糖基化位点,而无O-糖基化位点。3系统进化树分析显示:建鲤BMP15首先跟异育银鲫BMP15聚在一起,然后跟斑马鱼、欧洲海鲈BMP15聚在一起,而哺乳动物BMP15也明显的聚在一起,然后共同聚在一起,可以看出建鲤BMP15首先跟几个鲤科鱼类BMP15聚在一起,说明亲缘关系是较近的。建鲤BMP2B首先跟同属于鲤科的斑马鱼BMP2B聚在一起,也说明跟斑马鱼的亲缘关系是最近的。各个物种的鱼类BMP2B聚在一起,而哺乳动物BMP2B也明显的聚在一起,明显的分为两大枝。4.实时荧光定量PCR结果显示:建鲤BMP15基因在8个组织中都有表达,但表达水平不一样。在卵巢中表达量最高,在肝脏、肌肉中其次,呈中度表达,再次是肠、脑和鳃,在心脏和脾脏中的表达量最低;BMP2B基因也在8个组织中均有表达,但表达水平不一样。在肌肉中的表达量最高,在卵巢、肝脏中其次,呈中度表达,再次是脾脏、鳃和肠,在心脏和脑中的表达量最低。本文运用RT-PCR和RACE技术,首次成功克隆了建鲤BMP15和BMP2B基因,并对其作了组织表达谱分析,为进一步研究BMP15和BMP2B基因的功能、调控奠定了基础,也为进一步研究鱼类肌间刺的形成发生机制提供分子生物学资料。
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